Hijo de Antonio Manrique de Lara, adelantado mayor de Castilla gracias a su matrimonio con Luisa de Padilla Enríquez, hija y heredera del adelantado Antonio López de Padilla e Inés Enríquez de Acuña. La familia Padilla tiene su origen en tierras burgalesas, ostentando esta rama del linaje los señoríos de villas como Santa Gadea del Cid, Coruña del Conde, Calatañazor en Soria, o el propio solar de origen del linaje, Padilla de Abajo, además de ejercer el cargo de adelantados mayores de Castilla.

En 1547 contrajo matrimonio con María de Acuña, VII condesa de Buendía,^[1]​ con la que engendró cuatro hijos. Debido a la vocación religiosa de todos ellos, hubo cierto temor por la sucesión de los estados y mayorazgos tanto de los Padilla como de los Acuña. Y, así, ante la profesión de todos sus hermanos, la hija pequeña, Casilda de Acuña, se opuso al deseo familiar de que contrajera matrimonio con su tío Martín de Padilla, profesando como monja carmelita en Valladolid. Ante esta situación, su hermana Luisa se vio obligada a renunciar a sus votos y cumplir los deseos familiares:

• Antonio de Padilla (1557-1611): ingresó en la Compañía de Jesús en Valladolid el 8 de marzo de 1572 a los 18 años.^[2]​
• Luisa de Padilla (¿?-Lerma 1614): profesó como monja franciscana pero, con el fin de heredar los estados y mayorazgos familiares, se vio obligada a renunciar a sus votos y a contraer matrimonio con su propio tío Martín de Padilla y Manrique, como así nos lo describe el padre Luis de la Puente: «se quedó en el siglo acompañando à su madre con voto de perpetua castidad, fue necesario que la obligassen à pedir dispensación de el voto, por justas causas que se ofrecieron, para casarle, y perpetuar su sucessión». Cinco años después de enviudar, el 23 de febrero de 1607, profesó de nuevo como monja en las Carmelitas Descalzas de Talavera de la Reina para, al año siguiente, ser promovida a la dignidad de priora en el monasterio fundado por su consuegro el duque de Lerma en esta villa burgalesa, donde falleció en 1614.
• María de Acuña: profesó como monja dominica en el convento de Santa Catalina de Sena de Valladolid.
• Casilda de Acuña (¿?-1618): tal y como narra Santa Teresa de Jesús en sus Fundaciones (Capítulos X y XI), a pesar de la oposición de su familia, acabó profesando como monja el 13 de enero de 1577 en el convento carmelita de Valladolid, siendo trasladada como abadesa en 1581 al convento de la Purísima Concepción Calzada, fundado por su familia en su señorío de Santa Gadea del Cid (Burgos), aunque fue trasladado a Burgos en 1589 bajo la nueva advocación de San Luis Obispo.