Es hijo de Vicente Sabatini, un destacado director de televisión, y de Ana María Mujica, una académica.^[1]​

Egresado de Comunicación Audiovisual de Duoc UC, con estudios de Postgrado en Dirección de Fotografía en la Escuela Superior de Cine y Audiovisuales de Cataluña en Barcelona y un diplomatura Pontificia Universidad Católica de Chile.

Juan Downey: Más allá de estos muros es su primer largometraje documental basado en la vida de su tío abuelo paterno, Juan Downey.^[2]​ En el área de ficción ha colaborado con los destacados directores chilenos Ricardo Larraín y Nicolás Acuña. El año 2010 estrenó el exitoso documental Ojos rojos, pieza que codirige junto a Juan Pablo Sallato e Ismael Larraín.^[3]​

Director (series si no se específica el género)

• Matar a Pinochet (2020)
• La cacería: Las niñas de Alto Hospicio (2018)
• 12 días que estremecieron Chile (2017)
• Sitiados (2015)
• Zamudio (2015)
• Adictos al claxón (2013)
• Los archivos del cardenal (2011)
• Ojos rojos (documental, 2010)
• Juan Downey: Más allá de estos muros (documental, 2009)
• Cárcel de mujeres 2 (2008)

Productor

• Zamudio
• La cultura del sexo (serie-documental)
• Adictos al claxón
• Ojos rojos
• Juan Downey: más allá de estos muros

• Premio Altazor (2012) a la Mejor dirección por Los archivos del cardenal.
• Premio Altazor (2013) a la Mejor dirección por Adictos al claxón.

Juan Ignacio Sabatini en Internet Movie Database (en inglés).