Nacido en Murcia, era hijo del almirante Luis Fajardo y Muñoz de Avendaño y de su esposa Luisa de Entenza o Tenza, señora de las villas de Espinardo,^[2]​ Ontur, Albatana y Mojón Blanco, y nieto paterno de Luis Fajardo y de la Cueva, II marqués de los Vélez^[3]​ grande de España de primera Clase y I marqués de Molina y de Ana Ruiz de Avendaño, perteneciendo así a la Casa de los Vélez. Fue además, señor de las villas de Ontur, Albatana y Mojón Blanco, IV señor de Espinardo con la muerte de su hermano primogénito Alonso Fajardo de Tenza sin descendencia en julio de 1624.^[1]​ Para recompensar sus servicios, el rey Felipe IV, le concedió el vizcondado previo de Monteagudo el 24 de octubre de 1626 y luego el marquesado de Espinardo^[1]​ por Real Despacho de 7 de agosto de 1627 por el mismo rey Felipe IV.^[4]​^[1]​

En su carrera política y militar, fue caballero y comendador de Montanchuelos en la Orden de Calatrava, capitán general de la Armada de la guarda del Estrecho de Gibraltar y gobernador del Estrecho de Gibraltar y de Gibraltar, almirante general de Mar Océano, ministro del Consejo Supremo de Guerra de Felipe IV de España y XII gobernador y capitán general del reino y ejército de Galicia de 11 de septiembre de 1626 hasta su muerte.^[1]​

En 1609 participó junto a su padre Luis Fajardo Chacón en la toma de Túnez y en 1614 en la toma de La Mamora.

Se casó en Morata el 18 de julio de 1613 con su prima hermana Leonor María Fajardo de Guevara,^[1]​ señora de la villa, hacienda y mayorazgo de la Vega de Morata, de la villa de Ceutí y del castillo, villa, casa y mayorazgo de Monteagudo,^[1]​ que después de enviudar entró en las Descalzas Reales de Madrid. Era hija de Diego Fajardo y de Córdoba que participó junto a su padre en la Guerra de las Alpujarras, caballero de la Orden de Santiago y de la Orden de Calatrava y señor consorte de los señoríos de su mujer, Juana de Guevara Rocafull Velasco y Otazu, señora de las referidas villas, y nieta paterna de Luis Fajardo de la Cueva, II marqués de los Vélez y I marqués de Molina, y de su mujer Leonor Fernández de Córdoba y Zúñiga, de quién tuvo, por lo menos, un hijo y dos hijas:

• Diego Ambrosio Fajardo de Guevara y Córdoba,^[5]​ Diego Fajardo y Fajardo o Diego Ambrosio Fajardo Fajardo, II marqués de Espinardo, menino de la reina en 1648,^[3]​ señor de las villas de Ontur, Albatana y Mojón Blanco, de la villa, hacienda y mayorazgo de la Vega de Morata, de la villa de Ceutí y del castillo, villa, casa y mayorazgo de Monteagudo, casado con Isabel María Chacón y Ayala, después de viuda monja en las Descalzas Reales de Madrid, hija de Juan Chacón y Ponce de León, IV señor de Polvoranca, y de su mujer Catalina de Ayala y Osorio, que después de viuda fue monja de la Orden de Santiago en el Monasterio de Santa Cruz de Valladolid, sin descendencia
• Luisa Antonia Fajardo de Guevara y Córdoba, III marquesa de Espinardo, señora de las villas de Ontur, Albatana y Mojón Blanco, de la villa, hacienda y mayorazgo de la Vega de Morata, de la villa de Ceutí y del castillo, villa, casa y mayorazgo de Monteagudo, casada con Luis Felipe Ladrón de Guevara y Zúñiga, señor del mayorazgo de las villas de Castroserna y Fuentealmejír y mayorazgo de Madrid, de quién fue segunda mujer, con descendencia
• Juana Antonia Fajardo de Guevara (Cádiz-Madrid, 24 de octubre de 1647, sepultada en San Jerónimo el Real), heredera del marquesado y de los señoríos de su casa por sucesión a su sobrino-nieto el V marqués, casada en Madrid, San Martín, el 19 de octubre de 1642 con Alonso Ortiz de Zúñiga y Leyva, con descendencia.