Joubert nació el 2 de julio de 1963 en Lawrence, Massachusetts. En 1969, a los seis años, sus padres se divorciaron y en 1974, él y su hermana se mudaron con su madre a un apartamento derruido y ruinoso en Portland, Maine, con ansias de empezar una nueva etapa. Joubert intentó rehacer la relación con su padre, pero su madre nunca se lo permitió, siendo categorizada por un compañero de la escuela de Joubert como "una mujer sumamente controladora."^[1]​

Aunque Joubert era, según todos los informes, un estudiante con honores y muy motivado en el mundo académico, también era objeto de críticas negativas por parte de algunos de sus compañeros; era acosado por chicos mayores debido a su apariencia dócil, tímida e indefensa. Según su ex-profesora de español, Francesca Bergan, Joubert fue "un niño eterno" durante toda su etapa de secundaria, y añadió que "muchos chicos sufren acoso, pero suelen defenderse... Creo que, como (John) no se defendía... me pregunto si quizá creyó que merecía ese tipo de abuso... los empujones, los insultos, ya sabes; las burlas."^[2]​

Joubert intentó compensar esos sentimientos de aislamiento, involucrándose más en lo académico, tocando el clarinete en la banda de música, corriendo en el equipo de atletismo de la escuela y uniéndose a los Scouts. Fue en esta época que sus fantasías sádicas y homicidas progresaron hasta el punto de, según su propio testimonio, pasar horas imaginando cómo asesinar desconocidos. Joubert marcó una fantasía en particular como recurrente: sujetar y amordazar. En un informe psiquiátrico posterior, se le describe como un muchacho que disfrutaba de ver la desesperación de sus víctimas.^[3]​

A los 13 años, Joubert apuñaló a una niña con un lápiz y sintió estimulación sexual cuando la pequeña gritó de dolor. Al día siguiente, armado con una cuchilla de afeitar, apuñaló a otra niña al pasar en bicicleta a su lado. Joubert nunca fue identificado ni acusado de ninguno de los dos delitos. En otro incidente, golpeó a un niño mucho más chico, al que estranguló hasta dejarlo inconsciente. Tras sufrir acoso escolar durante su juventud, Joubert dijo disfrutar del poder físico y mental de la dominación de personas "más débiles" y comenzó a considerar asesinatos..^[4]​ Finalmente, se graduó de la escuela secundaria católica Cheverus en Portland en 1981.^[5]​

El 22 de agosto de 1982, Richard "Ricky" Stetson, de 11 años, salió a correr por el sendero Back Cove en Portland, Maine.^[6]​^[7]​ Cuando llegó el anochecer sin que regresara, sus padres llamaron a la policía. Al día siguiente, un automovilista descubrió el cuerpo del niño al costado de la Interestatal 295. El atacante había intentado desnudarlo, lo apuñaló, estranguló y lo mordió. Un sospechoso fue arrestado por el asesinato, pero su dentadura no coincidía con la marca de la mordedura en el cuerpo de Stetson, por lo que fue liberado tras un año y medio bajo custodia. No se presentaron nuevas pistas en el caso hasta enero de 1984.

El domingo 18 de septiembre de 1983, Danny Joe Eberle, de 13 años, desapareció mientras repartía ejemplares del Omaha World-Herald en Bellevue, Nebraska.^[8]​ Su hermano, que también repartía periódicos, no lo había visto, pero sí recordaba haber sido seguido por un hombre blanco en un coche marrón en días anteriores. Se determinó que Eberle solo había repartido tres de los 70 periódicos de su ruta. En la dirección de su cuarta entrega, se encontró su bicicleta junto con el resto de los periódicos. No parecía haber señales de forcejeo. Joubert describiría luego de su arresto cómo se acercó a Eberle, sacó un cuchillo y le tapó la boca con la mano. Inmediatamente después, le ordenó a Eberle que lo siguiera hasta su coche y lo condujo a un camino de grava a las afueras del pueblo.

Tras tres días de búsqueda, el cuerpo de Eberle fue descubierto en un prado alto junto a un camino de grava, a unos 6 km de su bicicleta. El niño estaba desnudo, con los pies y las manos atadas y la boca sellada con esparadrapo. Las heridas de arma blanca en todo el cuerpo sugerían que había sido torturado antes de morir. Joubert dijo luego que lo apuñaló un total de nueve veces. Al tratarse de un secuestro, el delito quedó bajo la jurisdicción del gobierno federal de Estados Unidos, por lo que se recurrió al FBI.^[9]​

La investigación siguió varias pistas, incluyendo la de un joven arrestado por abusar sexualmente de dos niños aproximadamente una semana después del crimen. El sospechoso falló la prueba del polígrafo y alegó una coartada falsa, pero no encajó con el perfil que el FBI había creado del asesino. Fue puesto en libertad por falta de pruebas y se interrogó a otros pedófilos conocidos de la zona, pero el caso quedó archivado por falta de pruebas.

El 2 de diciembre de 1983, Christopher Walden, de 12 años, desapareció en Papillion, Nebraska, aproximadamente a 5 km de donde se encontró el cuerpo de Eberle.^[10]​ Los testigos dijeron haber visto a un hombre blanco en un coche marrón. En su confesión posterior, Joubert afirmó que se acercó a Walden mientras caminaba, le mostró la funda de su cuchillo y le ordenó que subiera al coche.^[10]​

Tras conducir hasta unas vías de tren en las afueras de la ciudad, Joubert le ordenó a Walden que se quitara la ropa interior, El pequeño aceptó, pero se negó a tumbarse en la nieve. Tras un breve forcejeo, Joubert logró dominarlo y lo apuñaló, le cortó la garganta de forma tan profunda que casi lo decapitó.

El 11 de enero de 1984, una maestra de preescolar de la zona de los asesinatos llamó a la policía para informar que había visto a un joven conduciendo por la zona. Existen versiones contradictorias sobre si el coche estaba merodeando o simplemente circulando. Cuando el conductor vio a la maestra anotando su matrícula, se detuvo y la amenazó. El coche no era de color canela, pero la policía lo localizó y se descubrió que estaba alquilado por John Joubert, un técnico de radar alistado de la Base Aérea Offutt.

Un juez emitió una orden de registro y se encontró una cuerda similar a la utilizada para atar a Danny Joe Eberle en el cuartel de Joubert. El FBI descubrió que la inusual cuerda había sido fabricada para el ejército estadounidense en Corea del Sur. Durante el interrogatorio, Joubert admitió haberla obtenido del jefe de tropa de la que era asistente. Robert K. Ressler, el perfilador jefe del FBI en ese momento, junto con la Dra. Ann Burgess, tuvo acceso a la información sobre los dos chicos en Nebraska y elaboró una descripción hipotética que coincidía plenamente con la vida de Joubert. Al presentar el caso de los dos chicos de Nebraska en una clase de capacitación en la Academia del FBI en Quantico, Virginia, un oficial de policía de Portland, Maine, observó las similitudes con un caso ocurrido en su jurisdicción mientras Joubert vivía allí antes de unirse a la Fuerza Aérea. La comparación de las marcas de mordeduras demostró que Joubert era responsable del asesinato de Maine, además de los de Nebraska. Ressler y los investigadores de Maine llegaron a creer que Joubert se unió al ejército para huir de Maine tras el asesinato de Stetson.^[11]​ Una investigación posterior en Maine reveló el primer delito de Joubert: el apuñalamiento con un lápiz a la niña de nueve años en 1979. En 1980, la investigación de Ressler reveló que Joubert había acuchillado a un niño de nueve años y a una maestra de veintitantos, quienes "habían sufrido cortes bastante graves y tuvieron suerte de salir vivos".^[11]​

Joubert confesó haber asesinado a los dos niños de Nebraska y, el 12 de enero de 1984, fue acusado formalmente de los asesinatos. Tras declararse inicialmente inocente, cambió su declaración a culpable. Se le realizaron varias evaluaciones psiquiátricas. Una de ellas lo caracterizó como sujeto de trastorno obsesivo-compulsivo, tendencias sádicas y trastorno esquizoide de la personalidad.^[12]​^: 13

Los evaluadores determinaron que Joubert no presentaba síntomas psicóticos en el momento de los crímenes y un panel de tres jueces lo condenó a muerte por ambos asesinatos. Tras el juicio en Nebraska, Joubert fue condenado a cadena perpetua en 1990 en Maine (estado donde no existía la pena de muerte) por el asesinato de Ricky Stetson en 1982.

En 1995, Joubert presentó un recurso de habeas corpus ante el Tribunal de Distrito de los Estados Unidos para el Distrito de Nebraska en relación con las condenas a muerte. Sus abogados argumentaron que el factor agravante de "depravación excepcional" era inconstitucional y arbitrario. El tribunal de distrito concordó, pero el estado de Nebraska apeló ante el Tribunal de Apelaciones de los Estados Unidos para el Octavo Circuito. El tribunal de apelaciones revocó la decisión del tribunal de distrito, argumentando que Joubert había mostrado un claro comportamiento sádico al torturar a Eberle y Walden.

Joubert fue ejecutado el 17 de julio de 1996 por el estado de Nebraska en la silla eléctrica. Fue la segunda persona ejecutada en Nebraska desde que se restableció la pena de muerte en el estado en 1973.^[13]​ Antes de su ejecución, Joubert hizo una declaración final en la que pidió perdón por los asesinatos

Solo quiero reiterar que lamento lo que hice. No sé si mi muerte cambiará algo ni si traerá paz a alguien. Y solo pido a las familias de Danny Eberle, Christopher Walden y Richard Stetson que por favor intenten encontrar un poco de paz y pidan al pueblo de Nebraska que me perdonen. Eso es todo».^[14]​

Joubert pidió pizza con pimientos verdes y cebollas, tarta de queso con fresas y café como su última comida.^[15]​

Una apelación ante la Corte Suprema de Nebraska sobre si la silla eléctrica en Nebraska es un castigo cruel e inusual reveló que, durante su ejecución, a Joubert le surgió una ampolla de diez centímetros en la parte superior de la cabeza y dos ampollas a ambos lados de la misma, por encima de las orejas.^[16]​