John nació en East Kilbride, Escocia (Reino Unido), siendo el más joven de tres hermanos; tiene dos hermanas mayores. Estudió en la Royal Scottish Academy of Music and Drama y antes de que despegara su carrera como actor, trabajó como electricista en Escocia. Tras graduarse, tuvo pequeños papeles en producciones teatrales y en la televisión, medio con el que ha estado muy ligado.

Comenzó su carrera en televisión con el largometraje Bookie, en 1987, y seguiría participando en otros largometrajes como Faith, coprotagonizado por Michael Gambon, o The Love Bug, con Bruce Campbell.

Debutó en cine en 1990, en el drama Harbour Beat, pero fue su papel en la comedia romántica Sliding Doors, con Gwyneth Paltrow, y en el éxito internacional Cuatro bodas y un funeral, lo que consolidó su carrera.

En 1997, junto al productor escocés Murray Ferguson, fundó la productora Clerkenwell Films. Su mayor producción fue la serie Rebus, que él mismo protagonizó.

A partir de 1999, John interpretó al personaje de Jonathan Carnahan (hermano de Evelyn Carnahan) en la película La momia y lo siguió interpretando en sus secuelas (The Mummy Returns y La momia: la tumba del emperador Dragón).

En 2010 caracterizó a Lentulus Batiatus en la serie Spartacus: Blood and Sand, rol que repitió en la precuela posterior de la serie: Spartacus: Gods of the Arena.

Entre 2016 y 2017 participó de la tercera y cuarta temporada de la serie Agents of S.H.I.E.L.D., de la cadena ABC, en el papel recurrente del doctor Holden Radcliffe.

• 1994: Cuatro bodas y un funeral
• 1995: Madagascar Skin
• 1995: The Innocent Sleep
• 1995: Blast Away
• 1997: Romance and Rejection
• 1997: Resurrection Man
• 1997: The James Gang
• 1998: Sliding Doors
• 1999: The Hurricane
• 1999: The Mummy
• 1999: The Intruder
• 2000: Pandaemonium
• 2000: Circus
• 2001: The Mummy Returns
• 2001: Before You Go
• 2002: Dr. Jekyll and Mr. Hyde
• 2002: I'm With Lucy
• 2003: I Accuse
• 2004: Agatha Christie's Marple: "4.50 from Paddington"
• 2007: The Last Legion
• 2007: The Sinking of the Lusitania: Terror at Sea
• 2008: The Mummy: Tomb of the Dragon Emperor
• 2008: Zip 'n zoo
• 2008: Moose in the Glen
• 2008: Agatha Christie's Poirot: "Appointment with Death"
• 2010: Spartacus: Blood and Sand
• 2011: Spartacus: Gods of the Arena
• 2013: The Wee Man
• 2016-2017: Agents of S.H.I.E.L.D.
• 2017: Dirk Gently's Holistic Detective Agency
• 2018: Overboard
• 2020: Max Cloud
• 2020: Transplant
• 2021: El informe Auschwitz
• 2023: The Last Of Us: "When You're Lost in the Darkness"
• 2023: Black Mirror

• John Hannah en Internet Movie Database (en inglés).