Como director del programa de enfermedades venéreas, del Servicio de Salud Pública de los Estados Unidos, el doctor Cutler realizó una serie de controvertidos experimentos médicos. Los más conocidos son:

• Los experimentos sobre sífilis en Guatemala (1946-1948) ―se inoculó sífilis, gonorrea y chancroide a unas 1300 personas, entre hombres y mujeres―; y
• El experimento Tuskegee (1932-1972) ―durante cuarenta años se mantuvo engañados a 400 hombres afroamericanos residentes del Condado de Macon, Alabama, en el sur de Estados Unidos, que ya estaban enfermos de sífilis, proveyéndoles placebos en lugar de un tratamiento médico efectivo―.^[2]​

En 2010, el presidente estadounidense Barack Obama encargó a la Comisión Presidencial para el Estudio de Asuntos de Bioética que investigara lo sucedido entre 1946 y 1948 en Guatemala. La comisión llegó a la conclusión de que Cutler y los demás investigadores sabían que estaban violando las normas de la ética médica:

Hubo un esfuerzo claro y deliberado de engañar a los sujetos de los experimentos, a la comunidad científica y a la comunidad en general.

La comisión encontró que John Cutler había expuesto a más de 1300 personas a enfermedades de transmisión sexual, mediante contacto directo con personas infectadas o por inoculación, pero que dio tratamiento solamente a 700 personas, dejando a su suerte al resto, lo que resultó en la muerte de 83 personas.^[3]​

• Experimento Tuskegee
• Experimentos sobre sífilis en Guatemala
• Juan María Funes

• The Guatemala Inoculation Experiments (2023)

• The Frightening Legacy of US Syphilis Experiments in Guatemala (2011)