Como pintor de retratos, tuvo éxito a una edad temprana. Estudió en la Academia de Viena, y cuando apenas había alcanzado la mayoría de edad ganó sus cuatro principales premios. En 1818-1819, se unió al Conde Szecheni de Hungría en una gira por Turquía y Grecia. En 1820, se fue a Italia, y en Florencia y Roma produjo una serie de obras de sujetos Bíblicos e históricos. Después de pasar un año en París, regresó a Viena en 1827, donde dedicó su atención a la miniatura y pinturas históricas, siendo profesor en la Academia de 1829-50.

Entre sus trabajos están:

• Madonna con el Niño Jesús durmiente (Museo de Viena)
• Marco Aurelio en su lecho de muerte (1814, Esterhazy Galería)
• La Crucifixión, su obra maestra (un fresco en la Catedral de Viena)
• Orestes perseguido por las Furias (1815)
• Minerva Mostrando Ithaca a Ulises (1816)
• Asunción (1817)
• Dormir al Sepulcro de Cristo (1817)
• Judith (exhibida en 1824)
• Bacchus Finding Ariadne
• Napoleón II en su lecho de muerte (1832)

También es notable su gran historieta de la entrada de Cristo en Jerusalén.

•   Wikisource en inglés contiene obras originales de o sobre Johann Ender.
• Ender, Johann Nepomuk. The American Cyclopædia. 1879.
• Esta obra contiene una traducción derivada de «Johann Ender» de Wikipedia en inglés, publicada por sus editores bajo la Licencia de documentación libre de GNU y la Licencia Creative Commons Atribución-CompartirIgual 4.0 Internacional.