Summary
Jmol es un visor de código abierto de estructuras químicas en 3D.[2] Jmol devuelve una representación tridimensional de una molécula que puede usarse como herramienta de enseñanza[3] o para la investigación, por ejemplo en química y bioquímica. Es software libre y de código abierto, escrito en Java y por ello se puede ejecutar en Windows, Mac OS X, Linux y sistemas Unix. Existe una aplicación independiente y un kit de herramientas de desarrollo que puede integrarse en otras aplicaciones Java.
| Jmol | ||
|---|---|---|
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 Jmol es un visor de Java moleculares para estructuras químicas en 3D | ||
| Información general | ||
| Tipo de programa | Modelización molecular | |
| Desarrollador | equipo de desarrollo de Jmol | |
| Licencia | GPL | |
| Idiomas | ||
| Información técnica | ||
| Programado en | Java | |
| Plataformas admitidas | máquina virtual Java | |
| Versiones | ||
| Última versión estable | 13.0.4 ( 10 de septiembre de 2012 (12 años, 4 meses y 10 días)) | |
| Última versión en pruebas | 13.1.4 ( 10 de septiembre de 2012 (12 años, 4 meses y 10 días)) | |
| Archivos legibles | ||
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| Enlaces | ||
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Sitio web oficial
Repositorio de código
Seguimiento de errores
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Características
editarLa particularidad más notable es una miniaplicación (applet) que se puede integrar en páginas web para mostrar las moléculas de muchas formas. Por ejemplo, las moléculas se pueden mostrar como modelos de "bola y palo", modelos "que llenan el espacio", modelos de "cinta", etc.[4] Jmol es compatible con una amplia gama de formatos de archivo moleculares, incluyendo Protein Data Bank (PDB), archivo de información cristalográfico (CIF), MDL Molfile (mol) y Chemical Markup Language (CML).
La miniaplicación Jmol, entre otras capacidades, ofrece una alternativa al conector (plug-in) Chime, que ya no está bajo desarrollo activo. Aunque Jmol tiene muchas características que no están disponibles en Chime, no pretende reproducir toda la funcionalidad de Chime (en particular, el modo de Sculpt o esculpir). Chime requiere instalar un plug-in en Internet Explorer 6.0 o Firefox 2.0 de Microsoft Windows, o en Netscape Communicator 4.8 en MacintoshOS/9. Jmol requiere instalar Java y funciona en una amplia variedad de plataformas. Por ejemplo, Jmol es completamente funcional en Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome y Safari.
Imágenes
editar-
Estructura cristalina de una ribonucleproteína con caja H/ACA de Pyrococcus furiosus -
Dos puentes salinos en el tetrámero de hemoglobina (el grupo hemo se muestra como varillas en la parte inferior derecha). -
Un fragmento del factor de transcripción TFIIIA con tres motivos dedo de zinc consecutivos, unido a un segmento de ADN. -
Ribosoma bacteriano 70S de Thermus thermophilus.
Referencias
editar- ↑ Jmol translations
- ↑ Chen, Jim X. (2008), Springer, ed., Guide to Graphics Software Tools, p. 471, ISBN 978-1-84800-900-4.
- ↑ Herráez, A (2006), «Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue», Biochemistry and Molecular Biology Education 34 (4): 7, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644.
- ↑ Herráez, A (2007), Lulu, ed., How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, p. 21, ISBN 978-1-84799-259-8.
Véase también
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Portal:Software libre. Contenido relacionado con Software libre.* Avogadro (software)- Kit de desarrollo de Química (CDK)
- PyMOL
- Extensión Jmol para MediaWiki
Enlaces externos
editar- Sitio web oficial de Jmol
- (en inglés) Wiki de Jmol donde hay una lista de sitios web, wikis, moodles... que usan Jmol
Datos: Q1689854
Multimedia: Jmol / Q1689854
