Chemistry Development Kit

Summary

Chemistry Development Kit
Cdklogo.svg
Información general
Tipo de programa Quimioinformática/Modelado molecular/bioinformática
Desarrollador CDK Project
Licencia GNU Lesser General Public License
Idiomas multiidioma
Información técnica
Programado en Java
Plataformas admitidas Java
Versiones
Última versión estable 1.4.7 31 de diciembre de 2011
Última versión en pruebas 1.5.0 2 de enero de 2012
Archivos legibles
Enlaces
Sitio web oficial
Repositorio de código

El Chemistry Development Kit es una biblioteca Java de código abierto para Quimioinformática y Bioinformática.[1]​ Está disponible para Windows, Unix, y Mac OS. Se distribuye bajo licencia GNU LGPL.

Historia

El CDK fue creado por Christoph Steinbeck, Egon Willighagen y Dan Gezelter, desarrolladores de Jmol y JChemPaint en aquella época, para proveer una base común de código, el 27-29 de septiembre de 2000 en la Universidad de Notre Dame. Desde entonces muchas personas han contribuido al proyecto, llevando al programa a altos niveles de funcionalidad, como se muestra a continuación.

Biblioteca

CDK en sí es una biblioteca, no un programa usable. Pero ha sido integrado en varios entornos para hacer que sus funciones estén disponibles (por ejemplo, R,[2]CDK-Taverna (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).,[3]​ Bioclipse, y Cinfony.[4]​ Además existe una extensión CDK para KNIME.

In 2008 bits of GPL-licensed code was removed from the library. While those code bits were independent from the main CDK library, and no copylefting was involved, to reduce confusions among users, the ChemoJava project was instantiated.

Funciones principales

Quimioinformática

  • Edición y generación de diagramas de moléculas 2D (modelado molecular).
  • Generación de geometría 3D de moléculas.
  • Búsqueda de subestructuras usando estructuras exactas y consultas SMARTS.
  • Cálculo de descriptor QSAR.[5]​ (e.g. Entrez PubMed 16959190)
  • Cálculo de impronta binaria (fingerprint).
  • Cálculo de campos de fuerza.
  • Soporte para muchos formatos de archivos químicos.
  • Generación de estructuras.

Bioinformática

  • Detección de sitios activos de proteínas
  • Detección de ligandos similares doi 10.1016/j.jmb.2006.09.041
  • Identificación de metabolitos

General

  • Adaptador Python
  • Adaptador Ruby
  • Comunidad de usuarios activa

CDK News

CDK News es el newsletter del proyecto y contiene artículos de entre 2004 y 2007.[6]​ Debido a la falta de contribuciones, dejó de actualizarse.

Véase también

  • Modelado molecular
  • Ver el portal sobre Software libre Portal:Software libre. Contenido relacionado con Software libre.
  • Bioclipse - un banco de trabajo de quimio-bioinformática basado en Eclipse/RCP.
  • Jmol - Renderizador Java 3D (applet y aplicación).
  • Avogadro (software) - Editor Molecular (applet y aplicación).
  • JOELib - Versión Java de OpenBabel/OELib.
  • JChemPaint - Editor de moléculas Java 2D (applet y aplicación).
  • Blue Obelisk

Referencias

  1. Steinbeck, C.; Han, Y. Q.; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, E.L. The Chemistry Development Kit (CDK): An open-source Java library for chemo- and bioinformatics. Journal of Chemical Information and Computer Sciences 2003, 43, 493-500. doi 10.1021/ci025584y Entrez PubMed 12653513
  2. Guha, R. Journal of Statistical Software 2007, 18, 1-16
  3. Kuhn, T.; Willighagen, E. L.; Zielesny, A.; Steinbeck, C. BMC bioinformatics 2010, 11, 159+
  4. O'Boyle, N. M.; Hutchison, G. R. Chemistry Central journal 2008, 2
  5. Steinbeck, C.; Hoppe, C.; Kuhn, S.; Floris, M.; Guha, R.; Willighagen, E.L. Recent developments of the chemistry development kit (CDK) - an open-source java library for chemo- and bioinformatics.. Current pharmaceutical design 2006, 12, 2111-20. doi 10.2174/138161206777585274 Entrez PubMed 16796559
  6. https://sourceforge.net/projects/cdk/files/CDK%20News/

Enlaces externos

  • CDK Project - Página principal del proyecto (en inglés)
  • CDK Wiki - Wiki de la comunidad (en inglés)
  • CDK News - diario del proyecto (en inglés)
  • OpenScience.org (en inglés)
  • Wd Datos: Q2383032