Charles Jerry Ayers nació en 1948 en Athens, Georgia. Su padre, Robert H. Ayers, fue un defensor de los derechos civiles y profesor de religión y filosofía en la Universidad de Georgia, institución en la que Charles también cursó sus estudios.^[1]​^[2]​^[3]​ Durante su etapa universitaria, en 1965, conoció a Cris Kocher, un estudiante de arte con quien inició una relación sentimental.^[4]​

Tras graduarse con títulos en artes, y al considerarse exentos del reclutamiento militar para la guerra de Vietnam por haber obtenido números altos en el sorteo de la lotería del servicio selectivo, Ayers y Kocher se mudaron a Nueva York en el verano de 1970.^[4]​ Se establecieron en el Hotel Albert, en el barrio de Greenwich Village en Manhattan.^[4]​ Allí entablaron amistad con la actriz transgénero puertorriqueña Holly Woodlawn, quien los introdujo en el entorno artístico de The Factory, el estudio de Andy Warhol.^[4]​

Durante este período, Ayers adoptó el seudónimo de «Sylva Thinn», que también fue escrito como «Silva Thin», y se integró a la clica de Warhol.^[2]​^[5]​ En esta etapa, colaboró con la revista Interview, en la que escribió una columna, y apareció en el documental televisivo sobre Warhol dirigido por David Bailey, emitido en 1973.^[5]​^[6]​

Hacia finales de 1974, Ayers y Kocher regresaron a Athens, donde Ayers comenzó a participar en la escena musical local.^[1]​^[4]​ Aunque su relación sentimental con Kocher concluyó posteriormente, ambos continuaron residiendo en unidades separadas de un mismo dúplex durante una década.^[4]​

Fue acreditado como coautor de la canción «52 Girls» de la banda The B-52's, incluida como lado B de su sencillo debut «Rock Lobster» en 1978 y en el álbum debut homónimo de 1979.^[7]​ También colaboró con la banda R.E.M., coescribiendo la canción «Old Man Kensey», incluida en el álbum Fables of the Reconstruction de 1985.^[4]​

Entre 1981 y 1983 fue líder y baterista de la banda Limbo District, un grupo vanguardista de post-punk que fundó junto a varios amigos y su pareja, Davey Stevenson.^[1]​^[4]​ La agrupación se disolvió tras la finalización de la relación entre Ayers y Stevenson.^[1]​

A lo largo de su carrera, Ayers también se dedicó a la fotografía. Publicó tres libros: Aeronautica (2011), Today in New York (2011) y Occupy! (2012), que documentan escenas de la ciudad de Athens, la vida urbana en Nueva York y el movimiento Occupy Wall Street, respectivamente.^[8]​

Ayers falleció el 24 de octubre de 2016, a los 68 años de edad, a causa de una convulsión.^[1]​^[2]​

En 2017, el Instituto de Arte Contemporáneo de Athens organizó una exposición de un mes de duración dedicada a la obras de Ayers, titulada Out There: Photographs in the spirit of Jeremy Ayers.^[8]​^[9]​ La muestra incluyó tanto fotografías realizadas por Ayers como imágenes tomadas por otros artistas que capturaban el «mismo espíritu» de su trabajo.^[8]​^[9]​

Ese mismo año, el músico Michael Stipe, amigo cercano de Ayers y exmiembro de R.E.M., presentó una instalación artística en su honor durante el Moogfest en Durham, Carolina del Norte.^[7]​ La instalación, denominada Jeremy Dance, consistió en un video de Ayers bailando una canción disco a 120 pulsaciones por minuto, la cual fue sincronizada con música original compuesta por Stipe mediante un sintetizador Moog y un Roland Juno, de manera que los movimientos de Ayers coincidieran con el ritmo musical.^[7]​

En 2021, el entomólogo alemán Phillip Hoenle descubrió una nueva especie de hormiga en Ecuador, que envió al taxónomo, y amigo de Ayers, Douglas Booher, de la Universidad Yale, para su clasificación.^[2]​^[10]​^[11]​ Con el consentimiento de Stipe, Booher decidió nombrar a la especie Strumigenys ayersthey en honor a Ayers.^[2]​^[11]​ El sufijo «they» en ayersthey hace referencia al pronombre neutro they singular y fue elegido para reconocer tanto el activismo LGBT de Ayers como a la comunidad no binaria.^[10]​ Debido a esto, esta especie es la primera en llevar un nombre honorífico que no utiliza una terminación tradicionalmente femenina o masculina.^[10]​