Javier Padilla fue un Defensa central que jugó para el Motagua desde 1984 hasta 1998.

Luego de su retiro se convirtió en entrenador del Honduras Salzburg en 2001. En 2005 fue designado como entrenador del Motagua y en su sustitución llegó el chileno Germán Cornejo.^[1]​

Meses después toma las riendas del Hispano Fútbol Club, pero para el Clausura 2006 dimitió de su cargo por malos resultados que a la larga terminaron con el descenso del club a la segunda división. Al año siguiente se incorporó al Club Universidad por un periodo corto de tiempo. En ese mismo año (2007) se incorporó a las filas del Club Deportivo Victoria de La Ceiba, pero por malos resultados fue despedido de su cargo a finales de 2008.^[2]​

En 2009 se convirtió en entrenador del Atlético Gualala de la Liga de Ascenso e incluso lo logró ascender a la primera división. Sin embargo, el club se fusionó con Real Juventud y posteriormente desapareció, lo cual dejó sin empleo a Padilla. En 2010 fue nombrado por la Federación Nacional Autónoma de Fútbol de Honduras como entrenador de la selección sub-20 con el objetivo principal de clasificarla a los mundiales del 2011 y 2013 en Colombia y Turquía, pero para desgracia todo terminó en un rotundo fracaso.

En 2011 dirigió a la Selección de fútbol de Honduras durante un amistoso contra Ecuador que terminó con empate 1-1.^[3]​ El 25 de junio de 2013 se convirtió en entrenador del Atlético Municipal de la Liga de Ascenso de Honduras.^[4]​