Javier llegó a la cantera del Athletic Club en edad alevín, con apenas diez años. En la temporada 2005-06 promocionó a su segundo filial, el CD Basconia donde fue titular. Un año más tarde ascendió al Bilbao Athletic, donde jugó nueve encuentros. En la temporada 2007-08 fue cedido a la UE Lleida ya que el Bilbao Athletic decidió apostar por Iago Herrerín y Raúl Fernández. En enero de 2008, después de no llegar a debutar en el club catalán, regresó para al CD Basconia aunque apenas disputó tres encuentros. En la campaña 2008-09 regresó al Bilbao Athletic, donde jugó ocho partidos.^[1]​

En junio de 2009 recibió la baja del Athletic Club. Un mes después fichó por la Real Sociedad "B" de Tercera División, que buscaba un portero tras la marcha de Urtzi Iturrioz (Iturrioz finalmente fichó por el Bilbao Athletic).^[2]​^[3]​Permaneció tres temporadas en el filial txuriurdin, siendo titular indiscutible en la primera de ellas. En la siguientes dos temporadas compitió por el puesto con Toño Ramírez y Kike Royo, respectivamente. Por otra parte, entró en varias convocatorias de la Real Sociedad durante la temporada 2009-10 tras la lesión de Asier Riesgo.^[4]​^[5]​Su siguiente destino fue la SD Logroñés de Segunda B, al que llegó a principios de 2013 tras seis meses sin equipo.^[6]​En su segunda campaña en el club riojano fue titular indiscutible, pero vivió el descenso a Tercera División. En enero de 2015, después de seis meses sin competir, se enroló en la Gimnástica de Torrelavega de Tercera División.^[7]​En verano de 2015 fichó por la UD Somozas de Segunda B, donde jugó más de cincuenta partidos.^[8]​^[9]​^[10]​En enero de 2017 se marchó al Mérida AD de la misma categoría, donde concluyó la temporada 2016-17 también como titular.^[11]​Inició la campaña 2017-18 en las filas del FC Jumilla y, posteriormente, continuó en la SD Ponferradina siendo titular en ambos clubes.^[12]​^[13]​

A finales de enero de 2019 firmó un contrato de seis meses con el JD Somorrostro de Tercera División.^[14]​^[15]​Tras una campaña inactivo, se unió al Urduliz FT en 2020.^[16]​ En julio de 2021 firmó por la SD Leioa de Tercera Federación. Tras su retirada, ejerce como entrenador de porteros en la SD Eibar.^[17]​

Mandaluniz fue internacional sub-17 y sub-18 con la selección española.^[18]​Fue convocado por Juan Santisteban para participar en el Mundial sub-17 de 2003, donde fue titular en los cuatro últimos encuentros,^[19]​^[20]​ y en la Eurocopa sub-17 de 2004. En ambos torneos coincidió con Antonio Adán.^[1]​

1. ↑ ^{a b} «Mandaluniz: «Soy más conocido fuera de Bizkaia que aquí»». El Correo. 22 de enero de 2019. Consultado el 23 de enero de 2019. 
2. ↑ «Javier Mandaluniz, del Athletic, viene al Sanse». El Diario Vasco. 6 de julio de 2009. Consultado el 23 de enero de 2019. 
3. ↑ «Libano y Oinatz las bajas más sorprendentes del Bilbao Athletic». aupaAthletic.com: El punto de reunión de los aficionados del Athletic Club en Internet. Consultado el 3 de marzo de 2025. 
4. ↑ SA, Baigorri Argitaletxea (16 de diciembre de 2015). ««Desde que salí de la Real no había tenido un año tan bueno»». GARA. Consultado el 3 de marzo de 2025. 
5. ↑ Ramajo, Roberto (11 de mayo de 2010). «Riesgo se pierde lo que queda de temporada». Diario AS. Consultado el 5 de marzo de 2025. 
6. ↑ ««Fue muy duro ver que se cerraba el mercado y que yo no tenía equipo para jugar» - GARA». gara.naiz.eus. Consultado el 23 de enero de 2019. 
7. ↑ RSGT_1907 (6 de mayo de 2015). «Charlamos con Mandaluniz». Real Sociedad Gimnástica de Torrelavega | Web Oficial. Consultado el 23 de enero de 2019. 
8. ↑ Labarga, Nacho (24 de marzo de 2016). «Mandaluniz, el cerrojo 'renacido' que aúpa al Somozas». Marca.com. Consultado el 23 de enero de 2019. 
9. ↑ «El cerrojo del Somozas es de Bilbao». La Voz de Galicia. 21 de marzo de 2016. Consultado el 23 de enero de 2019. 
10. ↑ Lazcano, Javier Ortiz de (15 de marzo de 2016). ««No le deseo a nadie encontrarse sin ofertas como me pasó a mí»». El Correo. Consultado el 3 de marzo de 2025. 
11. ↑ VAVEL.com (26 de enero de 2017). «Javi Mandaluniz llega a la portería del Mérida». VAVEL. Consultado el 23 de enero de 2019. 
12. ↑ «Mandaluniz: "Vengo a la Ponferradina a hacer las cosas bien y ser lo más profesional posible"». www.elbierzodigital.com. 2 de enero de 2018. Consultado el 5 de marzo de 2025. 
13. ↑ Jiménez, Cadena SER,Paco (7 de enero de 2018). «Mandaluniz no se marca plazos». Cadena SER. Consultado el 5 de marzo de 2025. 
14. ↑ «Maka encuentra el hueco perfecto. Deia, Noticias de Bizkaia». Deia. Archivado desde el original el 1 de febrero de 2019. Consultado el 31 de enero de 2019. 
15. ↑ «Mandaluniz regresa a la acción en el Somorrostro». Mundo Deportivo. 1 de febrero de 2019. Consultado el 4 de febrero de 2019. 
16. ↑ «Javier Mandaluniz, portero del Urduliz, echa el cerrojo». www.deia.eus. Consultado el 10 de marzo de 2021. 
17. ↑ «Inicio competición equipos inferiores SD Eibar». www.sdeibar.com. Consultado el 3 de marzo de 2025. 
18. ↑ «FOTO INTERACTIVA: De la Sub-18 en Turquía a estrellas de la Selección». foto-interactiva-sub-18-turquia-estrellas-seleccion. 11 de agosto de 2015. Consultado el 23 de enero de 2019. 
19. ↑ «Un gol de oro mete a los sub'17 en la final del Mundial -». www.elmundo.es. Consultado el 23 de enero de 2019. 
20. ↑ «Brasil acaba con el sueño español en el Mundial sub'17 -». www.elmundo.es. Consultado el 23 de enero de 2019. 

• Ficha oficial de Javier Mandaluniz en Athletic Club