Inició su vida pública en 1997 como presidente de la autoridad portuaria de Manta.^[2]​ En 1998 fundó el equipo de fútbol Manta Fútbol Club.^[3]​

En las elecciones legislativas de 1998 fue elegido diputado nacional en representación de la provincia de Manabí por el partido Democracia Popular,^[4]​ cargo al que fue reelegido en las elecciones de 2002 y de 2006.^[5]​^[6]​ Durante su tiempo en el Congreso fue presidente de la comisión de lo Tributario, Fiscal y Bancario.^[7]​ En noviembre de 2007 fue cesado de su cargo junto con el resto del Congreso por la Asamblea Constituyente de 2007.^[8]​

En las elecciones seccionales de 2009 fue elegido alcalde de Manta, venciendo a Jorge Zambrano, quien buscaba la reelección, en una reñida contienda que requirió el reconteo de votos en Quito.^[9]​^[10]​ Sin embargo, en las elecciones seccionales de 2014 fue derrotado por el exalcalde Zambrano al intentar conservar el puesto bajo el auspicio del movimiento Alianza PAIS.^[11]​

En diciembre de 2018 la Contraloría General del Estado emitió un dictamen sancionatorio contra Estrada por haber realizado, durante su tiempo en la alcaldía, nombramientos a funcionarios sin los concursos de méritos ordenados por la ley. Estrada se pronunció días después aseverando que se intentaba impedir su participación como candidato a prefecto de Manabí en las elecciones del año siguiente, pues la sanción establecía un impedimento legal para que ocupar cargos públicos.^[12]​^[13]​