El número exacto de islas que componen Indonesia varía según las definiciones y las fuentes. Según la Ley nº 9/1996 sobre el Territorio Marítimo de Indonesia, de las 17.508 islas oficialmente enumeradas en el territorio de la República de Indonesia,^[5]​ Indonesia tiene 13.466. Según un estudio geoespacial realizado entre 2007 y 2010 por la Agencia Nacional de Coordinación Topográfica y Cartográfica (Bakorsurtanal), Indonesia tiene 13.466 islas.^[6]​Según el CIA World Factbook (libro mundial de datos de la CIA), hay 17.508.^[7]​ La discrepancia en el número de islas indonesias se debe a que los estudios anteriores incluyen las "islas de marea", cayos arenosos y arrecifes rocosos que aparecen durante la marea baja y se sumergen durante la marea alta. Según estimaciones del Gobierno de Indonesia, se han dado nombres a 8.844 islas, de las cuales 922 están habitadas permanentemente.^{[nota 2]}​ En 2023, el Grupo de Expertos de las Naciones Unidas en Nombres Geográficos (UNGEGN, siglas en inglés para United Nations Group of Experts on Geographical Names) había verificado 17.024 nombres de islas.^[1]​

• Islas de la Sonda
  • Islas mayores de la Sonda
    • Java, antiguamente Jawa Dwipa
    • Borneo: dividido entre la región indonesia de Kalimantan, el país de Brunei y los estados malayos de Sabah y Sarawak
    • Sulawesi, antiguamente Célebes
  • Islas menores de la Sonda
    • Bali
    • Lombok
    • Sumbawa
    • Flores
    • Sumba
    • Timor: dividido entre el Timor Occidental indonesio y el país de Timor Oriental
  • Islas Molucas (Maluku)
  • Nueva Guinea: dividida entre las provincias indonesias de Alta Papúa, Papúa, Papúa del Sur, Papúa del Suroeste, Papúa Central y Papúa Occidental y el país de Papúa Nueva Guinea

Las siguientes islas están clasificadas por provincias:

• Panaitan
• Sangiang
• Tinjil
• Umang

• Karimunjawa
• Nusa Kambangan
• Isla de las Mazmorras

• Islas Seribu (Kepulauan Seribu)

• Bawean
• Isla Gili Iyang
• Islas Kangean
• Isla de Madura
• Isla Raas
• Nusa Barong
• Isla Raja
• Isla Sempu

• Monitor de la Isla Lagarto (Pulau Biawak), Indramayu

• Islas Banyak
  • Tuangku
• Isla de Lasia
• Simeulue
• Weh

• Islas Batu
• Berhala en el Estrecho de Malaca
• Islas Hinako
• Isla Makole
• Isla Masa
• Islas Nías
• Samosir, Lago Toba

• Islas Mentawai
  • Pagai del Norte
  • Siberut
  • Sipura
  • Pagai del Sur
• Pasumpahan
• Sikuai

• Isla Enggano
• Isla Mega

• Niño de Krakatoa (Anak Krakatau)
• Legundi
• Sebesi
• Sebuku

• Isla Basu
• Bengkalis
• Padang
• Rangsang
• Rupat
• Isla Tebing Tinggi

• Islas Natuna (Kepulauan Natuna)
  • Islas Anambas
  • Isla Natuna Besar
  • Isla Natuna del Sur
  • Archipiélago de Tambelan
    • Isla Badas
• Archipiélago de Riau
  • Batam
  • Bintan
  • Bulan
  • Galang
  • Isla Karimun
  • Gran Natuna
  • Penyengat
    • Gran Karimún
    • Karimun Pequeña
  • Kundur
  • Rempang
• Isla Lingga
  • Lingga con islas cercanas
  • Singkep con islas cercanas

• Bangka
• Belitung

• Damar
• Isla Baning
• Isla Buaya
• Isla Burung

• Islas Balabalagan
• Islas Derawan
  • Kakaban

• Bunyu
• Sebatik: dividido entre Indonesia y Sabah, Malasia Oriental

• Tarakan

• Laut
• Islas Laut Kecil
• Sebuku

• Bawal
• Galam
• Islas Karimata
  • Karimata
• Maya

• Islas Banggai
  • Banggai
  • Isla Bowokan (Kepulauan Treko)
  • Buka Buka
  • Peleng
• Isla Masoni
• Isla Simatang
• Islas Togian
  • Togian
  • Tolitoli

• Bangka
• Bunaken
• Lembeh
• Manado Tua
• Nain
• Islas Sangihe
  • Nanipa
  • Bukide
  • Sangir Besar
  • Siau
  • Tagulandang
• Islas Talaud
  • Kabaruan
  • Karakelang
  • Salibabu
• Talise

• Islas Pabbiring
• Islas Sabalana
• Islas Selayar
  • Isla Selayar
• Islas Takabonerate
• Islas Tengah

• Buton
• Kabaena
• Muna
• Islas Tukangbesi
  • Wakatobi
    • Wangiwangi
• Wowoni

• Bali
• Isla de Menjangan
• Nusa Lembongan
• Nusa Penida
• Isla Serangan
• Nusa Ceningan

• Islas Alor
  • Alor
  • Kepa
  • Pantar
• Flores
  • Isla Babi
  • Isla Mules
• Komodo
  • Gili Lawadarat
  • Gili Lawalaut
  • Isla Mangiatan
  • Isla Makasar
    • Taka Makasar
  • Isla Mauwang
  • Isla Pararambah
  • Isla Siaba Besar
    • Isla Siaba Kecil
    • Isla Mangiatan
    • Isla Tatawa
      • Tukoh Pemaroh
    • Isla Pararambah
• Isla Padar
  • Isla Batubilah
  • Isla Padar Kecil
• Isla Palu
• Islas Pemana
• Rinca
  • Gili Motang
  • Golo Mori
  • Isla Muang
  • Isla Rohbong
    • Tukoh Gagak
    • Tukoh Rohbongkoe
  • Isla Papagaran Besar
    • Isla Papagaran Kecil
    • Isla Batu
    • Isla Mole
  • Isla Pengah Besar
    • Isla Pengah Kecil
    • Isla Batupengah
• Isla de Roti
• Savu
• Isla Solor
  • Adonara
  • Lembata
  • Solor
• Sumba
• Timor, dividido entre Indonesia Timor Occidental y la nación independiente de Timor Oriental^{[nota 3]}​

• Islas Gili
  • Gili Air
  • Gili Trawangan
  • Gili Meno
• Isla Banta
• Gili Biaha
• Gili Mimpang
• Gili Selang
• Gili Tepekong
• Lombok
• Isla Medang
• Isla Moyo
• Isla Menjangan
• Sangeang
• Satonda
• Sumbawa

• Islas Aru
  • Enu
  • Kobroor
  • Maikoor
  • Trangan
  • Wokam
• Babar
• Banda
• Islas Barat Daya
  • Damer
  • Liran
  • Romang
  • Wetar
• Boano
• Buru
• Archipiélago Gorong
• Islas Kai
• Kelang
• Islas Leti
  • Lakor
  • Leti
  • Moa
• Manipa
• Nusa Laut
• Ceram
  • Ambon
  • Osi
  • Saparua
• Islas Tanimbar
  • Selaru
  • Yamdena
• Pequeñas islas volcánicas en el mar de Banda
• Islas Tayandu (Kepulauan Tayando)
• Archipiélago de Watubela

• Bacan, con islas cercanas:
  • Kasiruta
  • Mandioli
  • Muari
• Isla Erà
• Halmahera, con las islas cercanas:
  • Makian
  • Ternate
  • Tidore
  • Hiri
  • Mare
  • Maitara
  • Kayoa
  • Laluin
  • Moti
  • Rau
  • Kakara
  • Meti
  • Medi
  • Tagalaya
  • Cumo
  • Isla Widi
• Morotai, con islas cercanas:
  • Rau
• Islas Obi, que incluyen:
  • Bisa
  • Gomumu
  • Obi
  • Obilatu
  • Tobalai
• Islas Sula

Islas cercanas a la mitad indonesia de la isla de Nueva Guinea.

• Isla Asia
• Karas
• Semai

• Islas Ayu
  • Palau Ayu
  • Palau Reni
• Islas Raja Ampat
  • Batanta
  • Islas Boo
  • Islas Fam
  • Misool
  • Waigeo
    • Gam
    • Kawe

• Islas Biak
  • Biak
  • Mios Num
  • Numfor
  • Supiori
  • Yapen
• Komoran
• Yos Sudarso

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•   Portal:Geografía. Contenido relacionado con Portal:Geografía.

1. ↑ La elevación dada aquí fue determinada por la expedición de 1971-73 Expedición de las Universidades Australianas Archivado el 3 de marzo de 2016 en Wayback Machine. y es apoyada por las autoridades de Siete Cumbres y datos modernos de radar de alta resolución. Una elevación más antigua pero todavía citada a menudo de 5030 metros (16 503 pies) es obsoleta
2. ↑ Basado en el " Seminario Nacional de Nomenclatura de Islas Pequeñas desde la Perspectiva Histórica " o " Seminario Nacional de Nomenclatura de Islas Pequeñas desde la Perspectiva Histórica ", celebrado del 16 al 18 de julio de 2008 en Palembang, Sumatra del Sur, Indonesia.
3. ↑ Islas Galápagos

• Indonesia cuenta sus islas antes de que sea demasiado tarde. Antara. 17 de mayo de 2007 (en Inglés)