De origen románico del siglo XII, el templo fue modificado en diferentes periodos. La torre es adosada del siglo XIV y su gran ampliación data del siglo XV, integrando estructuras del gótico en su ábside y su crucero.^[2]​ El pórtico, en estilo plateresco, es fruto del mecenazgo de Antonio de Rojas Manrique, patriarca de las Indias Occidentales. La obra data de 1529 e incorpora el escudo del patriarca, así como los de los Reyes Católicos y el de Carlos I de España y V de Alemania como emperador.^[2]​

Destaca su retablo mayor, renacentista con pequeñas influencias barrocas.^[3]​ Aparece ya reseñado en la obra Viage de España de Antonio Ponz, publicada en 1783. Menciona Ponz que "consta por cuentas de fábrica, que trabajaron en la obra los artífices Gabriel Vázquez de Barreda, Antonio Calvo, Miguel Barreda, Juan Ortiz, y Manuel Álvarez". Lo describe así:

El retablo mayor está lleno de figuras y medallas pertenecientes en grande parte a la historia de San Juan Bautista, y colocadas en los intercoluneos de sus tres cuerpos. Todo ello obra muy apreciable por el mucho acierto y trabajo que en ella se observa [...] por la famosa estatua que hay en el nicho principal, de San Juan [...]; por un excelente tabernáculo de tres cuerpos, jónico, corintio y compuesto; por varias pinturas que también adornan el retablo, y por una infinidad de labores ejecutadas con mucha prolijidad e inteligencia. En el remate de este retablo se ven colocadas diferentes figuras alegóricas, y el Señor crucificado con San Juan y la Virgen a los lados. Por los libros de fábrica consta que se empezó esta obra en 1570 [...]. Además de los asuntos de escultura pertenecientes a San Juan Bautista, hay otros relativos a la vida de la Virgen, y ciñen al retablo por los dos lados ciertos colgantes con imágenes de Patriarcas, Profetas, Niños y otras cosas. Tienen en estimación las pinturas que hay en la Sacristía, de los Santos Evangelistas, y por una de ellas consta que las regaló el Doctor Mateo Calvo, natural de esta Villa, Médico del Rey y del Escorial, en 1644. En el crucero de la Iglesia al lado del Evangelio, hay un precioso retabillo dedicado a San Andrés, cuya figura es excelente, como lo demás de los ornatos [...]. Se dejan en el tintero algunos de los disparates modernos con que han pretendido adornar esta Iglesia.

^[4]​

Ponz mencionaba que algunas de las esculturas del retablo eran autoría de Juan de Juni, por mecenazgo de Sebastián Cordero de Nevares, si bien no consta documentalmente y esta tesis ha sido descartada por autores posteriores, como De Andrés y Mediavilla.^[5]​

•   Partes de este artículo incluyen texto de Viage de España (1783), una obra de Antonio Ponz en dominio público.

• Ponz Piquer, Antonio (1783). Viage de España 11. Madrid. pp. 175; 254-256. Consultado el 4 de septiembre de 2025. 
• De Andrés y Mediavilla (1979). «Santoyo: Historia y Arte». Publicaciones de la Institución Tello Téllez de Meneses (42). ISSN 0210-7317.