El edificio se encuentra en el concejo español de Manzanos, del municipio de Ribera Baja, perteneciente a la provincia de Álava, en la comunidad autónoma del País Vasco.^[1]​ Se menciona como iglesia parroquial del lugar en el undécimo volumen del Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de Ultramar de Pascual Madoz, donde aparece descrita con las siguientes palabras: «igl. parr. (San Juan Bautista), servida por 2 beneficiados».^[1]​ En el tomo de la Geografía general del País Vasco-Navarro dedicado a Álava y escrito por Vicente Vera y López, se dice lo siguiente:^[2]​

Su parroquia, dedicada á San Juan Bautista, es de categoría rural de primera clase, perteneciente al arciprestazgo de La Ribera; en ella se conservan varias reliquias, como son la cabeza de Santa Vitoria y una papelina de San Pío V. En el templo hay una capilla mandada edificar en 1581 por D. Tomás de Salazar y ampliada en 1736 por un descendiente de dicho señor, y en ella están los sepulcros de ambos.

(Vera y López, 1915-1921, pp. 487-488)

• Madoz, Pascual (1848). «Manzanos». Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de Ultramar XI. Madrid. p. 204. Wikidata Q115624375. 
• Vera y López, Vicente (1915-1921). «Manzanos». En Carreras y Candi, Francisco, ed. Geografía general del País Vasco-Navarro III. Barcelona: Establecimiento Editorial de Alberto Martín. pp. 487-488. Wikidata Q115789520. 

•   Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Iglesia de San Juan Bautista.