La iglesia fue fundada en 1988 gracias a los esfuerzos de los misioneros brasileños en Bolivia, especialmente João Carlos de Paola Mota enviado por la Iglesia Presbiteriana de Brasil.^[6]​^[7]​^[1]​^[8]​^[9]​^[2]​.

La iglesia fue fundada en 1988. Las principales actividades misioneras que dieron origen a la iglesia actual fueron en Cochabamba^[10]​, donde se fundó la Primera Iglesia Presbiteriana de Cochabamba^[11]​, desde entonces la plantación de iglesias se ha extendido a otras partes del país.La práctica de los estudios bíblicos fue la principal forma de evangelización promovida por la iglesia. Una gran parte de los conversos pertenecían a la etnia quechua, así como una parte de la población que hablaba español. Se plantaron nuevas iglesias en el área de Cala Cala cerca de Cochobamba.^[3]​^[12]​

Sin embargo, la denominación perdió varias iglesias escindidas. En 2018, constaba de solo 2 iglesias y 120 miembros.^[1]​

Como resultado de la misión de la Iglesia Presbiteriana de Brasil, la Iglesia Presbiteriana de Bolivia es también una iglesia conservadora y confesional.^[13]​ La iglesia no admite la ordenación femenina, y solo los miembros masculinos pueden servir como ministros, ancianos o diáconos. La iglesia trabaja con una clínica dental y ofrece ayuda a la población local. La Iglesia se suscribe a la Confesión de Fe de Westminster, el Catecismo Mayor de Westminster, el Catecismo Menor de Westminster y el Credo de los Apóstoles.^[3]​^[14]​

La iglesia fue una vez miembro de la Fraternidad Reformada Mundial^[15]​^[16]​ y de la Confraternidad Latinoamericana de Iglesias Reformadas^[17]​.

La iglesia tiene relaciones con la Iglesia Presbiteriana de Brasil, la cual, a través de la Agencia Presbiteriana de Misiones Transculturales, continúa enviando misioneros a la iglesia en Bolivia.^[18]​^[19]​^[20]​