El guatuso posee cinco fonemas vocálicos:

Todos los fonemas vocálicos pueden aparecer acompañados por el fonema suprasegmental de cantidad /ː/.

El sistema consonántico tradicional del guatuso comprende quince fonemas:

El alfabeto práctico de la lengua guatusa fue propuesto por el lingüista Adolfo Constenla y adoptado como oficial por la Asesoría de Educación Indígena del Ministerio de Educación Pública de Costa Rica.

Fonemas	Grafemas
a	a
e	e
i	i
o	o
u	u

La cantidad vocálica se representa por medio de una tilde (´).

Fonemas	Grafemas
p	p
t	t
k	c, qu
ʧ	ch
ʤ	y
ɸ	f
s	s
x	j
ɬ	lh
l	l
ɾ	r
r	rr
m	m
n	n
ŋ	nh

Existen diferencias notables entre la ortografía del malécu y la de otros idiomas indígenas de Costa Rica. Por ejemplo, el sonido /ŋ/ se representa como nh en malécu, mientras que en ngäbere se escribe como ng. Otra diferencia se observa en la representación del sonido /k/: en malécu lhaíca se utiliza la letra c en las combinaciones ca, co, cu, y qu en que y qui, siguiendo la ortografía del español. En contraste, otras lenguas indígenas del país emplean de forma consistente la letra k para representar este sonido en todas sus combinaciones (ka, ke, ki, ko, ku). Estas variaciones ortográficas han generado confusión entre los hablantes costarricenses y también han provocado debates dentro de la propia comunidad malécu, donde no existe consenso sobre si el nombre de la lengua debe escribirse maleku o malécu. Como ocurre con muchos pueblos indígenas de Costa Rica, los hablantes del malécu no están acostumbrados a escribir en su lengua, ya que tradicionalmente ha sido una lengua exclusivamente oral. En las escuelas, la enseñanza de la lectoescritura se realiza únicamente en español, lo que contribuye a la falta de uniformidad ortográfica. Es común que un mismo hablante escriba una palabra de dos formas distintas.

Existe además una diferencia a nivel fonética que no permite que haya una única manera de escribir el malécu. Las personas de Margarita y El Sol mantienen la diferencia entre [ɬ] y [x], que ortográficamente serían "lh" y "j" respectivamente. Entonces ellos escriben con "lh" las palabras lhúri (venado), lhárenh (pez bobo o Joturus pichardi), y con "j" las palabras ujúti (chancho de monte cariblanco o Tayassu pecari) y ajárra (sajino o Tayassu tajacu). Los hablantes de Tonjibe no mantienen esa diferencia sino que escriben esas palabras con "j" siempre, lo cual sería júri, járenh, ujúti y ajarra.

Constenla, Adolfo. 1998. Gramática de la lengua guatusa. Heredia: EUNA. [1]

Guatuso: Resumen gramatical [2]