El guanano tiene un total de veintidós segmentos fonológicos, seis vocales y dieciséis consonantes.^[1]​^[2]​

La aproximante /j/ en sílabas acentuadas antes de vocal alta se realiza como la africana [dʒ] o como la dental palatalizada [dʲ]. La aproximante /w/ cuando precede una vocal anterior se realiza como fricativa [β]. La vibrante /ɾ/ cuando está después de vocal central o posterior y precede a vocal anterior se presenta como lateral [ɬ]. La palatal /tʃ/ al comienzo de la palabra antes de vocal alta se realiza aleatoriamente como aspirada [cʰ].^[1]​

La nasalización es una característica suprasegmental del morfema y todas las vocales y las consonantes sonoras /b/, /d/, /j/, /g/, /w/, /ɾ/ se realizan como nasales [m], [n], [ŋ], [ɲ], [w̃], [ɾ̃]. También son suprasegmentales el tono y el acento, que interactúan en cada sílaba para formar el sistema de acento, de manera que cada palabra fonológica conforma un grupo de acento.^[1]​