Milne-Edwards fue el líder de la escuela de la "zoología fisiológica", que dominó la Historia natural francesa durante mucho tiempo, tras el vacío dejado por la muerte de Georges Cuvier y Étienne Geoffroy Saint-Hilaire. Milne-Edwards defendió el estudio de los animales en su ambiente natural, oponiéndose a la tradición dominante, basada en el estudio anatómico de los animales disecados.

Gran admirador de Cuvier, Milne-Edwards concedía una absoluta prioridad a la función sobre la forma animal, esforzándose por encontrar las leyes rectoras de la adaptación biológica:

• Según la ley de la economía o de la unidad del tipo la naturaleza tiende a reutilizar los mismos órganos o estructuras para funciones diferentes^[1]​
• La ley de la división del trabajo (1827, 1834), influida por la teoría económica de Adam Smith, parte de la analogía entre el organismo y la fábrica y entre los órganos que lo componen y los obreros que trabajan en ella. Al igual que una fábrica es más productiva cuanto más especializados estén sus trabajadores, Milne-Edwards postula que cuanto más complejo sea el animal, más diferenciados se hallarán sus órganos.

La abreviatura Milne-Edwards se emplea para indicar a Henri Milne-Edwards como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.

• A manual of surgical anatomy … Desilver, Philadelphia 1828.
• A manual of materia medica and pharmacy. Careys & Lea, Philadelphia 1829.
• Cahiers d’histoire naturelle. Crochard & Masson, Paris 1833–53.
• Annales des sciences naturelles, zoologie et biologie animale. Masson, Paris 1834–85.
• Élémens de zoologie. Crochard & Dumont, Paris, Brüssel 1834–37.
• Histoire naturelle des crustacés. Roret, Paris 1834–40.
• Outlines of anatomy and physiology. Little & Brown, Boston 1841.
• Die Zoologie. Scheible, Rieger & Sattler, Stuttgart 1848–58.
• Quelques remarques sur l’emploi du sel en agriculture … Paris 1849.
• A monograph of the British fossil corals. London, 1850–72.
• Zoologie. Langlois, Leclercq & Masson, Paris 1850–58.
• Mélanges carcinologiques. Martinet, Paris 1851–54.
• Beiträge zur allgemeinen Zoologie. Müller, Stuttgart 1853.
• Leçons sur la physiologie et l'anatomie comparée de l'homme et des animaux, faites a la faculté des sciences de Paris, Paris: Masson, 1857.
• Introduction a la zoologie génerale, ou Considérations sur les tendances de l anature dans la constrruction du règne animal, Paris: Masson, 1853.
• Histoire naturelle des coralliaires ou polypes proprement dits. Roret, Paris 1857–60.
• A manual of zoology. Renshaw, London 1863.

• Taxones descritos por Henri Milne-Edwards

• Schmitt, Stéphane (2004). Histoire d'une question anatomique: la répétition des parties. Paris: Publications Scientifiques du Muséum national d'Histoire naturelle. 

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