Sus padres fueron Phililip Berlin e Ilse Neubart, ambos doctores en Filosofía. Realizó sus primeros estudios en la Hardenberg-Gymnasium, en su ciudad natal. En 1935, durante el régimen del nazismo, su familia decidió emigrar a México. Ingresó a la Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), obtuvo la licenciatura en 1939, una maestría en 1942 y un doctorado en Antropología en 1947. Fue discípulo de Pablo Martínez del Río y Rafael García Granados. Fue compañero de Ignacio Bernal y Alberto Ruz Lhuillier.

Impartió clases en la Facultad de Humanidades de la Universidad de San Carlos de Guatemala y hacia finales de su vida en la Universidad Iberoamericana de México, en donde conoció a Beatriz Ramírez de la Fuente y Marta Foncerrada de Molina, con quienes compartió sus conocimientos.^[1]​

En 1940 comenzó sus actividades en la zona arqueológica de Palenque bajo la dirección de Miguel Ángel Fernández. En 1946 fue nombrado miembro correspondiente de la Academia de Geografía e Historia de Guatemala fue editor de varios artículos de sus publicaciones. En 1949 comenzó a colaborar con el Instituto de Antropología e Historia de Guatemala realizando investigaciones en el Petén y Tikal. El 10 de enero de 1952 contrajo matrimonio con la profesora Gertrud Marianne Rutz Ree, sin embargo fue disuelto poco tiempo después.^[2]​

En 1953 fue becado por la Institución Carnegie de Washington para efectuar exploraciones en los estados mexicanos de Chiapas, Campeche, Tabasco y Yucatán.^[3]​ Entre sus labores destacan las investigaciones en Mayapán, en el complejo de Centla y en el Cañón del Sumidero. Entre sus aportes a la epigrafía descifró, junto con Tatiana Proskouriakoff el significado y la utilización del glifo emblema que utilizaban las ciudades mayas a manera de topónimo o para distinguir a la dinastía reinante.^[4]​

• “Un templo olvidado en Palenque” en 1942.
• Fragmentos desconocidos del Códice de Yanhuitlán y otras investigaciones mixtecas, en 1947.
• Antropología e historia de Guatemala, informe, en 1951.
• Late Pottery Horizons of Tabasco (Contributions to American Anthropology and History), para el Instituto Carnegie en 1956.
• Historia de la imaginería colonial en Guatemala, en 1952.
• “A New Inscription from the Templo of the Foliated Cross at Palenque” en 1957.
• “El glifo emblema en las inscripciones mayas” en 1958.
• Nómina de artistas y artesanos coloniales de Guatemala, en 1965.
• “The Destruction of Structure 5D-33-1st at Tikal” para American Antiquity en 1967.
• Signos y significados en las inscripciones mayas, en 1977.
• Arte maya en 1982.

• Emeritisimum por la Facultad de Humanidades de la Universidad de San Carlos de Guatemala en 1953.
• Orden del Quetzal otorgada por el Gobierno de Guatemala el 29 de septiembre de 1977.
• Premio “Chiapas” otorgado por el Ateneo de Ciencias y Artes de Chiapas el 21 de agosto de 1981.

En 1981, el Primer Simposio Mundial de Epigrafía Maya fue dedicado al doctor Heinrich Berlin y a la epigrafista Tatiana Proskouriakoff.

• Luján Muñoz, Luis (1991). «El doctor Heinrich Berlin en la arqueología maya: homenaje». II Simposio de Investigaciones Arqueológicas en Guatemala (Museo Nacional de Arqueología y Etnología, Guatemala): 119-128. Archivado desde el original el 14 de septiembre de 2011. Consultado el 20 de febrero de 2013.