Hijo de padres protestantes, quedó huérfano muy niño a causa de una epidemia de peste. Fue educado en el catolicismo por su primo Philip Schmidt. Estudió medicina en la Universidad de Würzburg y se graduó en 1597. Se trasladó a Roma en 1598, donde trabajó como médico en el hospital de Santo Spirito en Sassia . Sus estudios de anatomía se basaron en la observación directa del cuerpo humano. Posteriormente, se dedicó exclusivamente al estudio de la anatomía animal. En 1600 fue nombrado catedrático de Botánica y Anatomía en la Universidad La Sapienza de Roma. Ese mismo año, se convirtió en director del Jardín Botánico Papal.

Se convirtió en portavoz de la gente de su tierra natal ante la corte del papa. También fue coleccionista de pinturas. En 1611, su interés por la filosofía natural lo llevó a convertirse en miembro de la Accademia dei Lincei . Asistió a cinco papas ( Clemente VIII, León XI, Pablo V, Gregorio XV y Urbano VIII) y forjó amistad con figuras influyentes, como los cardenales Cinzio Aldobrandini, Scipione Borghese, Francesco Barberini y Scipione Cobelluzzi . Muchas familias alemanas le confiaron negocios confidenciales, entre ellas los Fugger de Augsburgo, los hermanos Felipe III, Landgrave de Hesse-Butzbach y Federico I, Landgrave de Hesse-Homburg, los Landgraves de Hesse-Darmstadt Luis V y su hijo Jorge II, Juan Casimiro, Conde de Erbach-Breuberg, Federico IV de Fürstenberg y Philipp Otto zu Salm . ^[3]​

En 1608 fue enviado por el Papa Pablo V a Nápoles para que le informara sobre las condiciones de reclusión de Tommaso Campanella en el Castillo de Sant'Elmo, donde había permanecido desde 1600 por opiniones heterodoxas y rebelión. Caspar Schoppe y los Fugger, también lo animaron a interceder en favor de Campanella. La visita de Faber parece haber influído para el traslado de Campanella a la prisión del Castillo del Huevo . Sin embargo, el propósito oficial de su visita a Nápoles era recolectar plantas exóticas para los jardines del Vaticano. Pasó dos meses disfrutando de la vida intelectual de Nápoles con Ferrante Imperato, Giambattista Della Porta, Fabio Colonna, Giulio Cesare Capaccio, Nicola Antonio Stigliola, Quinzio Bongiovanni, Mario Schipani, Marco Aurelio Severino y el hermano Donato d'Eremita y aprendiendo sobre jardines botánicos y colecciones de objetos raros. ^[4]​

Su interés por la filosofía natural continuó tras su regreso a Roma. Allí, visitaba la farmacia del botánico holandés Enrico Corvino, en la señal del Águila Imperial de Montegiordano, donde se reunían muchos de los artistas y médicos de la ciudad. Faber también mantuvo amistad con Peter Paul Rubens, quien trabajó en la ciudad hasta 1608, así como con otros pintores. Corvino se convirtió en miembro de la Accademia dei Lincei en 1611, y Faber conoció a varios académicos, entre ellos Federico Cesi, su fundador, Johann Schreck y Theophilus Müller . El 29 de octubre de 1611, el propio Faber ingresó en la Academia. ^[4]​

En 1612, Johann Gottfried von Aschhausen, obispo de Bamberg, visitó Roma. Faber quiso regalarle un telescopio, pero no pudo debido a las dificultades de Galileo para producir lentes de calidad. Aprovechó, sin embargo, la visita para impulsar proyectos académicos en Alemania, haciendo que el obispo recibiera libros de miembros de la Academia y un ejemplar del Mexicanarum plantarum de Francisco Hernández de Toledo, cuya edición Cesi había encargado a Schreck y Faber. La obra de Faber, dedicada a Francesco Barberini, se publicó finalmente en 1628 bajo el título Animalia Mexicana, mientras que la versión editada del original completo de Hernández no se publicó hasta después de su muerte, en 1651. ^[4]​

En 1609 Galileo desarrolló un microscopio compuesto al que llamó occhiolino, el «ojo pequeño». En 1624, Galileo presentó su occhiolino al príncipe Federico Cesi. Un año después, Faber acuñó el término «microscopio», a partir de las palabras griegas μικρόν ( micrón ), que significa «pequeño», y σκοπεῖν ( skopein ), que significa «mirar». El término era análogo a «telescopio», otro término acuñado por los linceanos.

En 1608, Faber adoptó la condición de civis romanus: en agosto de 1612, contrajo matrimonio con Maria Anna Hyrler, nacida en Roma de padres alemanes. Faber falleció el 17 de septiembre de 1629 y fue enterrado, en la iglesia de Santa Maria dell'Anima junto a su esposa, fallecida unos dos años antes. Le sobrevivieron varios hijos: Maria Vittoria, Maria Maddalena y Giano Domenico. ^[3]​

• "Competencia médica, anatomía y sistema político en el siglo XVII" por Rome Silvia De Renzi, Estudios del Renacimiento, vol. 21, n.º 4
• COMITATO NAZIONALE PER IL IV CENTENARIO DELLA FONDAZIONE DELLA ACCADEMIA DEI LINCEI - Faber Schmidt
• 'Libros de ciencia y censura en la Academia de los Lincei: Johannes Faber como mediador cultural en asuntos conflictivos'