Giovanni Cesare nació el 8 de junio de 1965, en la localidad italiana de Crema. Es originario de Gradella, aldea de Pandino.^[1]​

Asistió al Istituto Magistrale Maria Santissima Bambina de Lodi. Realizó los estudios eclesiásticos en seminarios de Crema y Lodi.

En 1994 obtuvo la licenciatura y en 1996 el doctorado en Teología en la Pontificia Universidad Gregoriana^[2]​ con el trabajo: "L'unicità di Gesù come criterio di unità e differenza nella Chiesa" ("La unicidad de Jesús como criterio de unidad y diferencia en la Iglesia").

Su ordenación sacerdotal fue el 23 de junio de 1990, incardinándose en la diócesis de Lodi.

• Vicario parroquial de Santi Bassiano e Fereolo de Lodi.^[1]​
• Profesor titular de Eclesiología, Cristología y Antropología, en el Colegio Alberoni de Piacenza (1995-2005).
• Profesor titular de Eclesiología y Cristología en los Estudios Teológicos Unidos de los seminarios de Crema y Lodi (1996-¿?).
• Profesor de Cristología en el Estudio Teológico de Bolonia (2003-2004), en el Instituto de Liturgia Pastoral "Santa Giustina" de Padua (2006-2007), en la Facultad de Teología de Emilia-Romaña (2006-2009), en la Pontificia Facultad Teológica de Sicilia "San Giovanni Evangelista" en Palermo (2008-2009), en el Instituto Superior de Ciencias Religiosas de Lodi (2008-¿?), y en la Facultad Teológica del Norte de Italia en Milán (2009-2010; 2013-2014).
• Director del Estudio Teológico del Seminario de Lodi (2003-2011; 2015-¿?).
• Profesor invitado en la Pontificia Universidad Gregoriana (2013-2014).
• Profesor de Estética teológica en la Academia de Bellas Artes de Brera, y profesor de Teología sistemática en la filial de Turín de la Universidad Pontificia Salesiana (2014-2015).
• Director (2018-2020) y vicedirector (2021-¿?)^[3]​ del Instituto Superior de Ciencias Religiosas "Sant'Agostino" de las diócesis de Crema, Cremona, Lodi, Pavía y Vigevano (2018-2020).
• Profesor titular de Eclesiología y comunidad familiar, coordinador de investigaciones y miembro del equipo presidencial del Pontificio Instituto Juan Pablo II (2019-¿?).
• Responsable de la formación de los diáconos permanentes en la diócesis de Lodi (2009-2023).
• Colaborador pastoral de la parroquia Assunzione della Beata Vergine Maria en Santo Stefano Lodigiano (2022-2023).

El 29 de octubre de 2021, fue nombró consultor de la Congregación para la Doctrina de la Fe^[4]​ (desde 2022: Dicasterio).

El 26 de septiembre de 2022, el papa Francisco lo nombró secretario del Dicasterio para la Cultura y la Educación ad quinquennium.^[5]​^[6]​ El 30 de noviembre de 2023, fue nombrado arzobispo titular de Belcastro.^[7]​ Será consagrado el 10 de febrero de 2024, en la catedral de Lodi, a manos del cardenal José Tolentino de Mendonça.^[8]​

Sus trabajos incluyen:^[9]​

• Giovanni Cesare Pagazzi, La singolarità di Gesù come criterio di unità e differenza nella Chiesa, Milano, Glossa, 1997, pp. x, 222, ISBN 978-8871050652.
• Giovanni Cesare Pagazzi, Il polso della verità. Memoria e dimenticanza per dire Gesù, Assisi, Cittadella, 2006, pp. 136, ISBN 978-8830808386.
• Giovanni Cesare Pagazzi, Il prete oggi. Tracce di spiritualità, Bologna, EDB, 2010, pp. 88, ISBN 978-8810512036.
• Giovanni Cesare Pagazzi, Sentirsi a casa. Abitare il mondo da figli, Bologna, EDB, 2010, pp. 128, ISBN 978-8810405963.
• Giovanni Cesare Pagazzi, C'è posto per tutti. Legami fraterni, paura, fede, Milano, Vita e Pensiero, 2013, pp. 136, ISBN 978-8834325162.
• Giovanni Cesare Pagazzi, Fatte a mano. L'affetto di Cristo per le cose, Bologna, EDB, 2013, pp. 128, ISBN 978-8810408377.
• Giovanni Cesare Pagazzi, La cucina del Risorto. Gesù «cuoco» per l'umanità affamata, Bologna, EMI, 2014, pp. 64, ISBN 978-8830722149.
• Giovanni Cesare Pagazzi, In principio era il legame. Sensi e bisogni per dire Gesù, Assisi, Cittadella, 2015, pp. 168, ISBN 978-8830807785.
• Giovanni Cesare Pagazzi, Questo è il mio corpo. La grazia del Signore Gesù, Bologna, EDB, 2016, pp. 136, ISBN 978-8810412190.
• Giovanni Cesare Pagazzi, Gesù mio perdona le nostre colpe..., Milano, Glossa, 2016, pp. 48, ISBN 978-8871053677.
• Giovanni Cesare Pagazzi, Matteo Crimella, Stefano Romanello, Extra ironiam nulla salus. Studi in onore di Roberto Vignolo in occasione del suo LXX compleanno, Milano, Glossa, 2016, pp. 690, ISBN 978-8871053769.
• Giovanni Cesare Pagazzi, Il garbo del vincitore, Milano, Paoline Editoriale Libri, 2018, pp. 80, ISBN 978-8831549592.
• Giovanni Cesare Pagazzi, La carne, Cinisello Balsamo, San Paolo Edizioni, 2018, pp. 96, ISBN 978-8892213999.
• Giovanni Cesare Pagazzi, Tua è la potenza. Fidarsi della forza di Cristo, Cinisello Balsamo, San Paolo Edizioni, 2019, pp. 160, ISBN 978-8892220478.
• Giovanni Cesare Pagazzi, Carla Canullo, Madri, Bologna, EDB, 2020, pp. 88, ISBN 978-8810572023.
• Giovanni Cesare Pagazzi, In pace mi corico. Il sonno e la fede, Cinisello Balsamo, San Paolo Edizioni, 2021, pp. 176, ISBN 978-8892226562.
• Giovanni Cesare Pagazzi, Franco Manzi, Il pastore dell'essere. Fenomenologia dello sguardo del Figlio, Assisi, Cittadella, 2021, pp. 168, ISBN 978-8830807297.

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