El Futebol Clube Lusitanos (en portugués, «Futbol Club Lusitanos») fue fundado en 1999 por emigrantes portugueses procedentes de Amarante y de Viana de Castelo.^[3]​ El club debutó en la Liga en la temporada 2000-01, tras ganar el campeonato de Segunda División.^[4]​ En la temporada 2001-2002 ganaron su primer título, la Copa Constitució, tras ganar 2-0 en la final contra el Inter Club d'Escaldes el 2 de junio.^[5]​

El Lusitanos jugó sus primeros partidos europeos en la Liga Europa de la UEFA 2010-11, donde fue eliminado por el equipo macedonio Rabotnički tras perder 11-0 en el marcador global.^[6]​ En la siguiente temporada, fueron eliminados en la misma ronda por el equipo croata Varaždin, perdiendo 6-1 en el marcador global.^[7]​

Desde su promoción a la máxima división no habían descendido y en la temporada 2011-12 ganaron su primer título.^[8]​ Este resultado les dio acceso a la Liga de Campeones de la UEFA 2012-13, en la que fueron eliminados en la primera ronda de clasificación por 9-0 en la suma total de goles por el campeón maltés, el Valletta.^[9]​

En 2013 ganaron su segundo título de liga,^[10]​ lo que les permitió clasificarse para la Liga de Campeones 2013-14, en la que se enfrentaron al EB/Streymur de las Islas Feroe. En el partido de ida empataron 2-2^[11]​ y en el de vuelta perdieron 5-1, quedando eliminados al perder el partido de ida y vuelta con un resultado global de 7-3.^[12]​

Al finalizar la temporada regular en cuarto puesto,^[13]​ el FC Lusitans no se clasificó para la Europa League 2013-2014 tras perder contra el Sant Julià 1-2 en la final de la Copa Constitució de 2014.^[14]​

En la temporada 2014-15, el FC Lusitans quedó subcampeón de la liga regular,^[15]​ lo que le dio la clasificación para la Liga Europa 2015-16, en la que se enfrentó al West Ham United. Perdió 0-3 en el partido de ida y 0-1 en el de vuelta (0-4 en el global).^[16]​

En la temporada 2018-19, el equipo se renovó por completo, contratando a varios jugadores portugueses y a un equipo técnico íntegramente compuesto por portugueses,^[17]​ con el objetivo de que tuvieran un buen rendimiento en la liga nacional y pudieran clasificarse para las competiciones europeas.^[18]​ Sin embargo, problemas económicos graves afectaron al club, que acabó acumulando deudas y retrasos en los pagos a los jugadores.^[19]​ El entonces presidente del FC Lusitans, Antonio da Silva, intentó contactar con inversores para que el club pudiese mantenerse,^[20]​ pero sin éxito.^[21]​ Esto provocó que se rescindieran todos los contratos de los jugadores, ya que no se podía pagarles,^[22]​ y también el del entrenador, que acabó siendo despedido tras denunciar diversas irregularidades en el club a los medios de comunicación portugueses.^[21]​^[23]​ Al mismo tiempo, el club tuvo una campaña muy mala, quedó en penúltimo lugar del campeonato y acabó siendo rebajado tras los play-offs de descenso.^[24]​^[25]​

Al inicio de la temporada 2019-20, se anunció que Nelson Ferreira era el nuevo presidente del club, mientras que el entonces presidente, Antonio da Silva, pasaba a ser presidente de honor. Pedro António Vieira fue contratado como nuevo entrenador.^[26]​ Sin embargo, en enero de 2020, como consecuencia de los problemas económicos de la temporada pasada, la FIFA prohibió al club contratar jugadores hasta el verano de 2021.^[27]​ Además, ese mismo año, fue expulsado del campeonato por la falta de asistencia de los jugadores a tres partidos a lo largo de la temporada.^[28]​ Todos estos acontecimientos culminaron con el cierre del club ese mismo año.^[29]​^[30]​

• Primera División de Andorra (2) 2011/2012, 2012/2013
• Copa Constitució (1): 2002
• Supercopa de Andorra (2) : 2012, 2013^[44]​
• Segunda División de Andorra (1): 1999/2000