La frontera está orientada aproximadamente de norte a sur y 137 kilómetros son delimitados por el río Danubio. Al norte empieza al trifinio entre Croacia, Serbia y Hungría y sigue el curso del Danubio hacia el este hasta la ciudad serbia de Bačka Palanka. Se dirige hacia el sur, después hacia el oeste y al sur, para unirse al trifinio con Bosnia y Herzegovina.

Los dos países tienen posiciones opuestas en la parte danubiana de su frontera: para Serbia, es la vaguada que sirve de delimitación, mientras que Croacia afirma como límite las antiguas fronteras entre los condados húngaros de Baranya y de Bács-Bodrog, que se remontan a una época en que el curso del río seguía varios meandros, en su mayor parte situado al este de la vaguada actual.^[1]​ Estas reclamaciones croatas al lado serbio del río implican en Croacia la renuncia de un territorio que no es reclamado por ninguno de los dos países (terra nullius).^[2]​

La frontera entre Croacia y Serbia fue demarcada en 1945 como límite interno de la República Federativa Socialista de Yugoslavia, entre estas dos repúblicas federadas. Su parte fluvial seguía la vaguada del Danubio; su parte terrestre era inicialmente casi rectilínea norte-sur del Danubio (Opatovać) al Sava (Jamena). En 1946 y 1948 fue modificado por un cambio territorial que extendió el margen croata (derecho) del Danubio hasta Ilok hacia el este y el margen serbio (izquierda) del Sava hasta Račinovci hacia el oeste. En el momento de la disolución de Yugoslavia esta frontera se hizo internacional, su recorrido fue reclamado por ambos países y después de las guerras de Yugoslavia finalmente aceptado en 1996, a excepción de la parte del Danubio donde subsiste el litigio sobre la diferencia entre la antigua ribera y la actual.

Tres micronaciones reivindican la terra nullius entre los dos estados:

• Liberland^[3]​^[4]​
• Verdis^[5]​
• El Reino de Enclava.^[6]​

• Fronteras de Croacia
• Fronteras de Serbia

• Klemenčić, Mladen; Schofield, Clive H. (2001). War and Peace on the Danube: The Evolution of the Croatia-Serbia Boundary. Durham, Inglaterra: International Boundaries Research Unit. ISBN 9781897643419. 
• Lukic, Reneo (2010). «The Emergence of the Nation-State in East-Central Europe and the Balkans in Historical Perspective». En Ramet, Sabrina P., ed. Central and Southeast European Politics since 1989. Cambridge, Inglaterra: Cambridge University Press. pp. 39-63. ISBN 9781139487504.