Fernando Morena anotó 334 goles en su carrera profesional entre torneos oficiales de liga, copas nacionales, internacionales y selección nacional. Incluyendo partidos no oficiales y amistosos anotó la suma de 668 goles, justo el doble.^[4]​

En el año 2010, fue reconocido por la F.I.F.A. como el cuarto mejor goleador a nivel mundial, con un promedio de 0.85 goles por partido, a lo largo de toda su carrera.

Inició su carrera en las divisiones menores del Racing Club de Montevideo en 1967 para luego pasar a River Plate de Montevideo y debutar en Primera División el 5 de octubre de 1969, cuando tenía 17 años.

Sus buenas actuaciones lo llevaron a fichar por Peñarol el 23 de enero de 1973, llevado por Juan Ricardo Faccio.

En el cuadro mirasol lograría una brillante carrera, convirtiendo 350 goles oficiales en el club y siendo el goleador del Campeonato Uruguayo 6 años consecutivos (1973, 1974, 1975, 1976, 1977 y 1978) y de la Copa Libertadores en 1974, 1975 y 1982.

Con Peñarol logró ganar siete Campeonatos Uruguayos, una Liga Mayor, una Copa Libertadores de América y una Copa Intercontinental.

En la temporada 1979-80 fichó por el Rayo Vallecano de España, en donde anotó 20 goles en su primera temporada, a pesar de sus buenas actuaciones, no pudo evitar que su equipo descendiera a Segunda División.

Tras su paso por el Rayo fichó por el Valencia de España para la temporada 1980-81, obteniendo la Supercopa de Europa y anotando el gol del triunfo. Fue el goleador del equipo al anotar 24 goles (16 en liga, 4 en la Copa del Rey y 4 en Copa de Europa).

En 1981 regresó a Peñarol, gracias a una gran campaña que realizó la hinchada carbonera con el lema "A Morena lo traemos todos", para juntar fondos y comprar nuevamente su ficha, y jugó hasta la temporada 1984.

En 1982 fue nuevamente goleador del Campeonato Uruguayo y consiguió la Copa Libertadores de América y la Copa Intercontinental.

En la final de la Copa Libertadores 1982 disputada en el Estadio Nacional de Santiago, frente al Cobreloa de Chile, anotaría el único gol del partido que le daría el triunfo, anotado en el minuto 89. En dicho torneo, Morena se consagraría como máximo goleador del torneo con 7 goles.

Luego fichó por Boca Juniors donde jugó sólo 7 partidos y anotó un gol. Tras este fugaz pasaje por el fútbol argentino regresó a Peñarol, donde se retiró el 28 de diciembre de 1984, aunque volvió brevemente al fútbol activo, para jugar con Peñarol la Copa Libertadores 1986.

Como director técnico no logró revalidar sus logros como jugador. Dirigió primero al River Plate uruguayo, obteniendo una buena campaña, luego pasó por Peñarol, Real Murcia de España, Huracán Buceo, Rampla Juniors y Colo-Colo de Chile, además de un paso como ayudante técnico de Héctor Núñez, campeón de la Copa América en 1995 disputada en Montevideo y al frente de la selección que disputó el preolímpico de 1996. Finalmente dirigió a Peñarol, sin embargo los malos resultados sumados a problemas dirigenciales al interior del club provocaron que fuese cesado en diciembre de 2005.

Debutó con un gol con la Selección Uruguaya el 27 de octubre de 1971 ante Chile.

Participó en el Mundial de Fútbol de 1974 en Alemania, donde jugó los tres partidos de Uruguay como titular, sin poder anotar.^[5]​

Fue internacional en 54 ocasiones y marcó en 22 oportunidades. Anotó un gol en su último partido con la camiseta de la selección ante Venezuela, en la edición de 1983 de la Copa América que conquistó Uruguay. En ese encuentro fue fracturado por el jugador vinotinto René Torres.

  Actualizado a fin de trayectoria. ^[6]​

• Máximo goleador en la historia del Campeonato Uruguayo con 228 anotaciones.^[2]​
• Máximo goleador histórico de Peñarol con 440 goles. (Incluyendo goles en partidos amistosos)^{[cita requerida]}
• Máximo goleador histórico de la Liga Mayor con 50 goles.
• Jugador que más goles convirtió en un mismo partido por el Campeonato Uruguayo^{[n 1]}​, con 7 goles, jugando por Peñarol ante Huracán Buceo en 1978.^[8]​
• Máximo goleador de la historia en un torneo del Campeonato Uruguayo con 36 goles en 1978.^[9]​
• Cuarto máximo goleador uruguayo de la historia, con 334 goles.^[10]​
• Único jugador goleador de la Copa Libertadores en tres ediciones (1974, 1975 y 1982).^[1]​
• Máximo goleador uruguayo en la historia de la Copa Libertadores con 37 goles en 77 partidos, segundo en la Tabla histórica detrás de Alberto Spencer con 54 goles.^[1]​

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