La aerolínea fue fundada y comenzó a operar el 26 de septiembre de 1994.^[1]​ En marzo de 2006, La Administración de Aviación Civil de Estonia (ECAA) canceló la licencia para vuelos de pasajeros de Enimex. El Antonov An-72 de Enimex que había estado operando los vuelos regulares de pasajeros con Finlandia, fue declarado por las autoridades como no aptos para el transporte de pasajeros. Posteriormente se le volvió a otorgar la licencia de pasajeros por parte de las autoridades "por error", pero que no fue cancelada posteriormente, no volvieron a ser utilizados para operar vuelos regulares de pasajeros. Como resultado Soder Airlines tuvo que cancelar sus vuelos a la Laponia finlandesa ya que el avión operado por Enimex vio también retirado su permiso de transporte de pasajeros de la Dirección de Aviación Civil Finlandesa.^[2]​

Durante su existencia Enimex operó las siguientes aeronaves:^[1]​

• Antonov An-28
• Antonov An-72
• BAe ATP

Se han registrado dos accidentes con víctimas mortales en Enimex, con un total de cuatro muertes:

• 29 de noviembre de 1999 − Antonov An-28 ES-NOF durante un vuelo de carga de Oslo a Budapest con parada en Szczecin se estrelló en un campo de Polonia. No se produjeron muertes, pero el avión quedó completamente destruido.^[3]​

• 23 de noviembre de 2001 − Vuelo 1007 de ELK Airways operado por Enimex el Antonov AN-28 ES-NOV cuando intentaba aterrizar en el Aeropuerto de Kärdla en una situación de mala meteorología se estrelló contra unos árboles a unos 1,5 km del aeropuerto. De los 14 pasajeros y tres tripulantes que viajaban a bordo, 2 pasajeros murieron. La investigación determinó que la causa del accidente fue un error del piloto.^[4]​^[5]​

• 21 de abril de 2002 – Antonov An-72 ES-NOP se estrelló cuando intentaba aterrizar en Wamena, Indonesia. No se produjeron muertes, pero el avión quedó completamente destruido.^[6]​

• 10 de febrero de 2003 − Antonov AN-28 ES-NOY en un vuelo regular de carga desde Tallin a Helsinki, se estrelló poco después de despegar del Aeropuerto Lennart Meri de Tallin. El avión se detuvo a unos 300 metros de la pista. Dos de los tres tripulantes que iban a bordo murieron.^[7]​^[8]​

• Enimex