Clasificaciones más recientes incluyen Endothyrinae en el suborden Endothyrina, del orden Endothyrida, de la subclase Fusulinana de la clase Fusulinata.^[3]​^[4]​

Endothyrinae incluye a los siguientes géneros:

• Banffella †
• Endothyra †
• Eoendothyranopsis †, también considerado en la subfamilia Eoendothyranopsinae o en la subfamilia Globoendothyrinae
• Globoendothyra †, también considerado en la subfamilia Globoendothyrinae
• Klubovella †
• Laxoendothyra †
• Mirifica †
• Omphalotis †
• Paraplectogyra †
• Quasiendothyra †
• Semiendothyra †
• Tuberendothyra †
• Zellerinella †

Otros géneros considerados en Endothyrinae son:

• Birectoendothyra †, aceptado como subgénero de Endothyra, Endothyra (Birectoendothyra)
• Cribroendothyra †, aceptado como Quasiendothyra
• Endoglomospiranella †, aceptado como Laxoendothyra
• Eogloboendothyra †, considerado subgénero de Globoendothyra, Globoendothyra (Eogloboendothyra), y aceptado como Latiendothyra
• Eomillerella †, aceptado como Eoendothyranopsis
• Globoomphalotis †, considerado subgénero de Globoendothyra, Globoendothyra (Globoomphalotis), y aceptado como Globoomphalotis
• Mediendothyra †, considerado subgénero de Endothyra, Endothyra (Mediendothyra), y aceptado como Paraplectogyra
• Plectogyra †, aceptado como Endothyra
• Plectogyrina †, considerado subgénero de Endothyra, Endothyra (Plectogyrina), y aceptado como Endothyra
• Rectoquasiendothyra †, considerado subgénero de Quasiendothyra, Quasiendothyra (Rectoquasiendothyra)
• Similisella †, aceptado como subgénero de Endothyra, Endothyra (Similisella)
• Skippella †, considerado sinónimo posterior de Eoendothyranopsis
• Spirella †, aceptado como subgénero de Endothyra, Endothyra (Spirella)
• Ugurus †, propuesto como nombre sustituto de Mirifica
• Zellerella †, aceptado como Eoendothyranopsis