Clasificaciones más recientes incluyen Endothyridae en el suborden Endothyrina, del orden Endothyrida, de la subclase Fusulinana de la clase Fusulinata.^[3]​^[4]​

Endothyridae incluye a las siguientes subfamilias y géneros:

• Subfamilia Endostaffellinae
  • Andrejella †
  • Dainella †
  • Elergella †
  • Endostaffella †
  • Eoendothyra †
  • Eoquasiendothyra †
  • Euxinita †
  • Globochernella †
  • Granuliferella †
  • Granuliferelloides †
  • Holkeria †
  • Klubonibelia †
  • Latiendothyra †
  • Lysella †
  • Mediopsis †
  • Melatolla †
  • Neoparadainella †
  • Paradainella †
  • Paraendothyra †
  • Planoendothyra †
  • Pojarkovella †
  • Priscella †
  • Pseudochernyshinella †
  • Pseudoplanoendothyra †
  • Rectoendothyra †
  • Spinoendothyra †
  • Urbanella †
• Subfamilia Endothyrinae
  • Banffella †
  • Endothyra †
  • Eoendothyranopsis †, también considerado en la subfamilia Eoendothyranopsinae o en la subfamilia Globoendothyrinae
  • Globoendothyra †, también considerado en la subfamilia Globoendothyrinae
  • Klubovella †
  • Laxoendothyra †
  • Mirifica †
  • Omphalotis †
  • Paraplectogyra †
  • Quasiendothyra †
  • Semiendothyra †
  • Tuberendothyra †
  • Zellerinella †
• Subfamilia Haplophragmellinae
  • Corrigotubella †
  • Cribrospira †
  • Haplophragmella †
  • Haplophragmina †
  • Mikhailovella †
  • Rhodesinella †
• Subfamilia Endothyranopsinae
  • Cribranopsis †
  • Endothyranella †
  • Endothyranopsis †
  • Latiendothyranopsis †
  • Plectogyranopsis †
  • Spinothyra †
  • Timanella †

Otras subfamilias consideradas en Endothyridae son:^[5]​^[6]​

• Subfamilia Eoendothyranopsinae
  • Eoendothyranopsis †, también considerado en la subfamilia Endothyrinae
  • Skippella †, también considerado en la subfamilia Endothyrinae
• Subfamilia Neoendothyrinae
  • Neoendothyranella †

Otros géneros considerados en Endothyridae son:

• Birectoendothyra † de la subfamilia Endothyrinae, aceptado como subgénero de Endothyra, Endothyra (Birectoendothyra)
• Convexoendothyra † de la subfamilia Endothyranopsinae, aceptado como Plectogyranopsis
• Cribroendothyra † de la subfamilia Endothyrinae, aceptado como Quasiendothyra
• Cribroparaendothyra † de la subfamilia Endostaffellinae
• Endoglomospiranella † de la subfamilia Endothyrinae, aceptado como Laxoendothyra
• Eogloboendothyra † de la subfamilia Endothyrinae, considerado subgénero de Globoendothyra, Globoendothyra (Eogloboendothyra), y aceptado como Latiendothyra
• Eomillerella † de la subfamilia Endothyrinae, aceptado como Eoendothyranopsis
• Euxinella † de la subfamilia Endostaffellinae, sustituido por Euxinita
• Globoomphalotis † de la subfamilia Endothyrinae, considerado subgénero de Globoendothyra, Globoendothyra (Globoomphalotis), y aceptado como Globoomphalotis
• Haplophragminoides † de la subfamilia Haplophragmellinae, considerado subgénero de Haplophragmina, Haplophragmina (Haplophragminoides), y aceptado como Insolentitheca
• Inflatoendothyra † de la subfamilia Endostaffellinae, considerado subgénero de Spinoendothyra, Spinoendothyra (Inflatoendothyra), y aceptado como Inflatoendothyra
• Mediendothyra † de la subfamilia Endothyrinae, considerado subgénero de Endothyra, Endothyra (Mediendothyra), y aceptado como Paraplectogyra
• Nibelia † de la subfamilia Endostaffellinae, aceptado como Pojarkovella
• Plectogyra † de la subfamilia Endothyrinae, aceptado como Endothyra
• Plectogyrina † de la subfamilia Endothyrinae, considerado subgénero de Endothyra, Endothyra (Plectogyrina), y aceptado como Endothyra
• Rectoparaendothyra † de la subfamilia Endostaffellinae
• Rectoquasiendothyra † de la subfamilia Endothyrinae, considerado subgénero de Quasiendothyra, Quasiendothyra (Rectoquasiendothyra)
• Rhodesina † de la subfamilia Haplophragmellinae, aceptado como Rhodesinella
• Similisella † de la subfamilia Endothyrinae, aceptado como subgénero de Endothyra, Endothyra (Similisella)
• Skippella † de la subfamilia Endothyrinae, considerado sinónimo posterior de Eoendothyranopsis
• Spirella † de la subfamilia Endothyrinae, aceptado como subgénero de Endothyra, Endothyra (Spirella)
• Ugurus † de la subfamilia Endothyrinae, propuesto como nombre sustituto de Mirifica
• Zellerella † de la subfamilia Endothyrinae, aceptado como Eoendothyranopsis

Otros géneros de Endothyridae no asignados a ninguna subfamilia son:

• Cayeuxina †, de posición taxonómica incierta
• Matthewina †, de posición taxonómica incierta
• Orobias †
• Terquemina †, de posición taxonómica incierta
• Rectogranuliferella †, de posición taxonómica incierta