Las endopeptidasas (EC 3.4.11.-) son una familia de enzimas proteoliticas o peptidasas que desdoblan los enlaces péptidicos situados en el centro de una molécula proteica, dividiendo por lo tanto la proteína o polipeptido en 2 fragmentos de aproximadamente el mismo tamaño, en cambio las exopeptidasas liberan el aminoácido terminal de una cadena polipeptídica. Ejemplos de endopeptidasas son:

• Tripsina. Secretada por el páncreas para facilitar la digestión de los alimentos.
• Quimiotripsina. También producida por el páncreas.
• Elastasa. Liberada por los leucocitos polimorfonucleares en el pulmón.
• Termolisina. Es producida por la bacteria Bacillus thermoproteolyticus.
• Pepsina. Procede del pepsinógeno liberado por las células principales del estómago.^[1]​^[2]​