Originaria de Camden, Londres, estudió en la Liverpool Hope University, se graduó en 1999, fue entrenadora del Long Island Lady Riders entre 2001 y 2003, entrenadora de fútbol femenino en el Iona College de New Rochelle entre 2003 y 2006, y entrenadora asistente y directora de academia del Arsenal Ladies entre 2006 y 2008.

Hayes comenzó a dirigir al Chelsea Femenino en agosto de 2012, reemplazando a Matt Beard, que se dirigió al Liverpool.^[1]​

Luego de perder el título de la FA WSL de 2014 en la final, Hayes hizo una gran revisión del equipo, incorporando nuevas jugadoras. La portera sueca Hedvig Lindahl y la mediocampista de Inglaterra Millie Bright fueron las nuevas incorporaciones.^{[cita requerida]} Marija Banušić, Gemma Davison y Niamh Fahey también se unieron al Chelsea, llegando desde Kristianstads, Liverpool Ladies y Arsenal Ladies respectivamente.^{[cita requerida]} Más tarde en la temporada, Hayes logró concretar el fichaje de Fran Kirby por una tarifa récord.^{[cita requerida]} Con los agonizantes recuerdos de la derrota en la final todavía frescos en la memoria, Hayes llevó al Chelsea a conseguir un histórico doblete de liga y copa, ganando la final de la Copa FA gracias a un solo gol de Ji So-yun al finalizar la primera mitad.^{[cita requerida]} Más tarde en la temporada, el equipo tuvo su revancha y se alzó con el título de la FA WSL, luego de vencer al Sunderland 4-0.^{[cita requerida]}

En la Champions League, el conjunto de Hayes llegó a octavos de final tras derrotar al Glasgow City. Después de su derrota de local por 2-1 ante el VfL Wolfsburgo, Hayes criticó a la Asociación Inglesa de Fútbol por la mala programación de los partidos e insistió en que la competición «está orientada a equipos franceses, alemanes y suecos, y hasta que cambiemos eso o escuchemos a clubes como el Chelsea, siempre vamos a quedar eliminados en las primeras rondas».^[2]​

El equipo de Hayes terminó segundo en la FA WSL de 2016, cinco puntos por debajo del campeón Manchester City.^{[cita requerida]} Las "azules" también llegaron a la final de la Copa FA por segundo año consecutivo, perdiendo 1-0 ante un fuerte Arsenal.^{[cita requerida]}

Hayes fue nombrada miembro de la Orden del Imperio Británico (MBE) en 2016 por sus servicios al fútbol.^[3]​

Con la ayuda de nuevas incorporaciones como Ramona Bachmann, Maren Mjelde, Erin Cuthbert y Crystal Dunn, Emma Hayes puso al Chelsea en primer lugar por diferencia de goles, en la liga de transición Spring Series.

El equipo también jugó la Copa de la FA y llegó a la semifinal, pero fue eliminado por el Birmingham City en los penales.^{[cita requerida]}