En el Flandes de 1569, el militar Alonso de Entrerríos va a ser ejecutado injustamente, acusado falsamente por su capitán de haber iniciado un ataque que ha costado la vida de numerosos soldados. En la celda, recibe la visita de un fraile que le ofrece salvar la vida si decide trabajar secretamente para la Corona y que lleva un reloj de pulsera. En la Universidad de Barcelona de 1880, la brillante estudiante Amelia Folch se siente minusvalorada por el hecho de ser mujer y es visitada por una dama que es consciente de la valía de la joven y que utiliza un teléfono móvil. En el Madrid de 2015, el enfermero del SAMUR Julián Martínez acude a un incendio. Al entrar temerariamente en el edificio, ve a tres personas vestidas con ropajes de otra época. Tras ser hospitalizado, es suspendido en su empleo debido a sus tendencias suicidas, ocasionadas por el trauma sufrido por la muerte de su esposa. Una vez en casa, recibe la visita del falso monje de 1569 y la dama de 1880, quienes le conducen a un extraño edificio donde pululan personas disfrazadas. Allí le muestran el cadáver de la persona que vio en el edificio en llamas. Un nuevo personaje, el subsecretario, afirma que ese individuo llegó del año 1808 y le informa de que están en el Ministerio del Tiempo, una institución secreta que realiza viajes en el tiempo para salvaguardar la Historia tal como es. Los viajes se hacen a través de puertas que conducen al pasado, como el subsecretario le demuestra personalmente. Julián es necesario para identificar a los otros dos sujetos llegados de 1808 y es incorporado a la plantilla del Ministerio.

El subsecretario forma un equipo con Folch, Martínez y Entrerríos y les encarga investigar el asunto. Llegada la noche, cada uno debe retirarse a su casa en su respectiva época, pero Julián utiliza una puerta que le indica un ordenanza para ir al día de 1996 en que estrechó su relación con la que luego sería su esposa y presencia la cita de ambos y su primer beso. Mientras tanto, los dos viajeros del pasado —un militar francés y un español afrancesado— visitan una librería donde se documentan sobre la Guerra de la Independencia con la intención de cambiar el pasado. Más tarde, el militar francés asesina a dos policías para robar sus armas y mata a su propio compañero español.

Tras los asesinatos, el subsecretario envía al equipo a 1808 con Amelia al mando. En la Fonda del Oso, Entrerríos se enzarza en una pelea con dos soldados franceses. Cuando un paisano acude en su ayuda, la trifulca es zanjada por el viajero en el tiempo, que es un alto oficial francés llamado Thibaut. Este está relacionado con una aristócrata española que responde al nombre de Dolores de Villamejor. Amelia averigua que el paisano que ayudó a Entrerríos es el Empecinado, futuro héroe de la Guerra de la Independencia, y deduce que Thibaut quiere asesinarlo. Efectivamente, Thibaut hiere gravemente al Empecinado, pero Entrerríos llega a tiempo de evitar el tiro de gracia y mata al francés. Un equipo médico de emergencia es enviado a 1808 y salva al patriota. Pero la cómplice del militar consigue escapar y es identificada como Lola Mendieta, una antigua agente del Ministerio que había sido dada por muerta en una misión.

Concluida con éxito la misión, Julián vuelve al pasado, al día anterior a la muerte de su esposa Maite, y la visita brevemente mientras ella duerme. Al salir se encuentra con Entrerríos y Folch, que le han seguido para evitar que salve a su mujer quebrantando las reglas del Ministerio. No obstante, la propia Amelia le sugiere que telefonee a su esposa para despedirse cordialmente de ella. Mientras tanto, Lola Mendieta le vigila a corta distancia.

Rodolfo Sancho interpreta a Julián Martínez, un enfermero madrileño del SAMUR deprimido por la muerte accidental de su esposa. Sus tendencias suicidas hacen que el Ministerio aprecie su valor. Como personaje del presente, sirve para representar el punto de vista del espectador. Aura Garrido es Amelia Folch, una joven universitaria barcelonesa de finales del siglo XIX, con ideas muy avanzadas para su época. Perteneciente a una familia acomodada, su educación, memoria e inteligencia la hacen apta para dirigir la patrulla.^[1]​^[2]​ Nacho Fresneda da vida a Alonso de Entrerríos, soldado castellano del siglo XVI perteneciente a los famosos tercios de Flandes. Condenado a muerte injustamente, es salvado por el Ministerio a cambio de sus servicios. Sus principios son los propios de su época, por lo que no le gusta ser dirigido por una mujer, pero es honorable y patriota. Como soldado perfecto, es ideal cuando se requiere el uso de la violencia.^[3]​^[4]​

Junto a la patrulla habitual, están otros funcionarios del Ministerio. Cayetana Guillén Cuervo es Irene Larra, responsable de recursos humanos y logística. Es una mujer lesbiana que fue reclutada en los años 1960. Juan Gea tiene el rol de Ernesto Jiménez, un funcionario serio y riguroso cuyo origen es desconocido. El subsecretario Salvador Martí es interpretado por el veterano Jaime Blanch. Es asistido por su fiel secretaria Angustias, encarnada por Francesca Piñón.^[3]​ Precisamente es el subsecretario quien pronuncia la frase «el tiempo es el que es», que da título al episodio, para explicar a Julián que no se puede viajar a un futuro posterior a su presente del año 2015.

Junto a los anteriores, que constituyen el equipo protagonista de la serie, aparecen otros personajes en el episodio. Natalia Millán incorpora a uno de los antagonistas, una supuesta aristócrata del siglo XIX que acaba siendo identificada como Lola Mendieta, antigua agente del ministerio que ha fingido su muerte para lucrarse facilitando a otras personas la existencia de ciertas puertas del tiempo. El episodio muestra también a dos personajes históricos. Julián Villagrán da cuerpo a un curioso Diego Velázquez, que trabaja para el ministerio confeccionando retratos robot. Y Hovik Keuchkerian interpreta a un arrojado Juan Martín Díaz, «el Empecinado», futuro héroe de la Guerra de la Independencia.^[2]​^[3]​

• Carreras Lario, Natividad Cristina (2016). «El Ministerio del Tiempo abre puertas a una nueva forma de producir series de ficción para televisión en España». Opción (Maracaibo: Universidad del Zulia) (Extra 11): 247-265. ISSN 1012-1587. Consultado el 14 de enero de 2025. 
• Miranda Galbe, Jorge; Cabezuelo Lorenzo, Francisco (2018). «La importancia de la documentación histórica en el relato transmedia: el caso de El Ministerio del Tiempo». Revista de las Ciencias de la Comunicación e Información (España: Historia de los Sistemas Informativos) 23 (1): 15-27. ISSN 2695-5016. Consultado el 14 de enero de 2025.