Plenel pasó su infancia en la Martinica y su juventud en Argelia.^[2]​

De vuelta a Francia en 1970, abandona sus estudios universitarios en Instituto de Estudios Políticos de París para dedicarse a la militancia política en las filas de la Liga Comunista Revolucionaria (LCR), una organización trotskista.

Su carrera profesional comienza en el periódico Rouge en 1976 y se prosigue, tras su servicio militar, en Le Matin de Paris. En 1980, Plenel es contratado por el diario Le Monde, en el que trabajará durante veinticinco años: primero encargado de temas de educación (1980-1982), seguirá luego las cuestiones de policía y de seguridad (1982-1990), pasando a ser gran reportero (1991) antes de dirigir el servicio de informaciones generales (1992-1994).

En 1994 se hace el principal animador de la redacción de Le Monde, que dirigirá entre 1996 y 2004. En desacuerdo con otros dirigentes del diario sobre los riesgos de una pérdida de su independencia, dimite en noviembre de 2004,^[3]​ antes de dejar definitivamente Le Monde el 31 de octubre de 2005.^[4]​

Dos años más tarde, en 2007, anuncia el lanzamiento de Mediapart, periódico totalmente digital, participativo e independiente, que ve la luz el 16 de marzo de 2008 y del que Plenel es director de publicación. Sin publicidad, financiado solo por las suscripciones de sus lectores y reputado por sus investigaciones independientes, Mediapart es un éxito editorial y económico, habiendo sobrepasado a los 100 000 abonados en 2014.

• L'Effet Le Pen (con Alain Rollat), Paris, La Découverte-Le Monde, 1984.
• La République inachevée. L'État et l'école en France, Paris, Payot, 1985 ; Stock, 1997 ; Biblio « Essais », 1999.
• Mourir à Ouvéa. Le tournant calédonien (Con Alain Rollat), Paris, La Découverte-Le Monde, 1988.
• Voyage avec Colomb, Paris, Le Monde-Éditions, 1991 (en japonés : Shobun-sha, 1992).
• La Part d'ombre, Paris, Stock, 1992 ; Gallimard, « Folio Actuel », 1994.
• Un temps de chien, Paris, Stock, 1994 ; Gallimard, « Folio Actuel », 1996.
• Les Mots volés, Paris, Stock, 1997 ; Gallimard, « Folio Actuel », 1999.
• L'Épreuve, Paris, Stock, 1999.
• Secretos de jeunesse, Paris, Stock, 2001 (prix Médicis essai) ; Gallimard, « Folio », 2003.
• La Découverte du monde, Paris, Stock, 2002 ; Gallimard, « Folio Actuel », 2004 (en coreano : Maumsan, 2005).
• Procès, Paris, Stock, 2006 (prix du Journal du Centre) ; Gallimard, « Folio », 2007.
• Chroniques marranes, Paris, Stock, 2007.
• Le Journaliste et le Président, Paris, Stock, 2006.
• Combat pour une presse libre. Le manifeste de Mediapart, Paris, Galaade, 2009 (en español : Combate por una prensa libre, Edhasa, 2012 ; en árabe : Sefsafa, 2015).
• Le Président de trop. Vertus de l'antisarkozysme, vices du présidentialisme, Paris, Don Quichotte, 2011.
• Le 89 árabe (con Benjamin Stora), Paris, Stock, 2011.
• Notre France (con Farouk Mardam Bey y Elias Sanbar), Paris, Sindbad/Actes Sud, 2011.
• Le Droit de savoir, Paris, Don Quichotte, 2013 ; Seuil, « Points », 2014.
• Dire non, Paris, Don Quichotte, 2014; Seuil, « Points », 2015.
• Pour les musulmans, Paris, La Découverte, 2014 ; La Découverte/Poche, 2016 (prix Fetkann de la mémoire), (en árabe : Al Doha Revista, 2015 ; en inglés : Verso, 2016).
• La Troisième Equipe. Souvenirs de l'affaire Greenpeace, París, Don Quichotte, 2015.
• Dire nous. Contre les peurs et les haines, nos causes communes, París, Don Quichotte, 2016.
• Voyage en terres d'espoir, París, Editions de l'Atelier, 2016.

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