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• Ricardo C. Pasquali y Eduardo P. Tonni. "Los mamíferos fósiles de Buenos Aires". Primer Premio en la categoría "Docentes e Investigadores” en el concurso de investigación del Programa "Historias Bajo las Baldosas", otorgado por el Gobierno de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires. Buenos Aires, 14 de agosto de 2003.

• La sala 5 del Museo Museo de Ciencias Naturales de Miramar fue bautizada en homenaje al Eduardo Pedro Tonni.^[1]​

La abreviatura Tonni se emplea para indicar a Eduardo Pedro Tonni como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.