Coryphantha vaupeliana es una especie de cactus que aunque generalmente crece de forma solitaria, en ocasiones forma grupos. Los tallos van de esféricos a ovalados y tienen la epidermis de color verde hoja. Presentan el ápice algo deprimido, alcanzan alturas de 8 cm y diámetros de 5 a 7 cm.

Los tallos están cubiertos de tubérculos grandes de hasta 2 cm de largo. Tienen forma más o menos cónica y son poligonales en su base. Son surcados, sus axilas son lanudas y contienen glándulas de néctar.^[3]​

Las areolas se asientan ligeramente debajo de la punta de los tubérculos, son redondas y miden 3 mm de diámetro. Tienen de 3 a 4 espinas centrales gruesas de color marrón oscuro a negras. Son rectas o ligeramente curvadas y miden hasta 1,8 cm de largo. También tienen 12 a 15 espinas radiales, donde las inferiores están engrosadas en su base, son de color amarillezco con el ápice más pardo y miden de 0,8 a 1 cm de longitud. En el caso de las espinas radiales superiores son más delgadas, de color blancuzco con los ápices pardos y de hasta 1,5 cm de largo.^[1]​

La flor mide 5 cm de diámetro y es de color amarillo claro con una franja media verde o parda. Tiene los filamentos y las anteras de color amarillo. El fruto es jugoso y de color verde. Tiene remanentes florales adheridos y mide 1,6 cm de largo y 9 mm de ancho. Las semillas son reniformes, de color pardo oscuro y con la testa reticulada. Miden de aproximadamente 1,5 mm de largo y 0,8 mm de ancho.^[4]​

El área de distribución nativa de esta especie es noreste de México (concretamente de los estados mexicanos de Tamaulipas, Durango y Zacatecas) y crece principalmente en biomas desérticos o de matorral seco.

Habita cerca de ríos sobre suelos aluviales o arenosos y bajo la sombra de otras especies de plantas arbustivas.^[1]​

Coryphantha vaupeliana fue descrita por el botánico alemán Friedrich Boedeker y publicada por primera vez en la revista científica Zeitschrift für Sukkulentenkunde 3: 206 en el año 1928.^[5]​

Etimología

• Coryphantha: nombre genérico que deriva del griego coryphe (que significa 'cima' o 'cabeza'), y anthos (que significa 'flor'), haciendo referencia a que las flores aparecen en el ápice de los tallos.
• vaupeliana: epíteto específico otorgado en honor al botánico y especialista en cactáceas alemán Friedrich Karl Johann Vaupel.^[6]​

Su área de distribución es reducida, sin embargo, no se conocen mayores amenazas para su estado de conservación.^[1]​

Se cultiva principalmente como planta ornamental y su propagación se realiza a través de semillas.