La AFC decidió cuales países iban a participar en el torneo, lo cual decidieron en noviembre del 2012.^[2]​

• Jordania era elegible para la Liga de Campeones de la AFC pero no tenía las licencias requeridas
• Un cupo de fase de grupos de Uzbekistán fue movido a la Zona Este
• Un club de Baréin se retiró por lo que Tayikistán, Siria y Yemen subieron una ronda en la Copa AFC
• Tayikistán fue promovido de la Copa Presidente de la AFC a la Copa AFC para esta temporada
• Afganistán era elegible para la Copa Presidente de la AFC pero desistió su participación
• Bangladés y Bután geográficamente pertenecen a la Zona Este

• India, Singapur y Vietnam eran elegibles para la Liga de Campeones de la AFC pero no tenían las licencias requeridas
• Guam y Laos, Macao, RPD Corea y Timor Oriental eran elegibles para la Copa Presidente de la AFC pero desistieron su participación
• India y Maldivas geográficamente pertenecen a la Zona Oeste

Notas

• ^CD – Campeón Defensor
• ^† Al-Muharraq abandonó el torneo después del sorteo. Como resultado, el Regar-TadAZ de Tayikistán, quien originalmente iba a estar en la ronda de play-off, clasificó directamente a la fase de grupos.
• 1: El Dempo, campeón de la I-League 2011-12, se negó a participar en la Copa AFC 2013, y fue reemplazado por el Churchill Brothers, tercer lugar de la I-League 2011-12.^[4]​
• 2: A pesar de que el Selangor solo quedara de tercero en la Super Liga de Malasia 2012, obtuvo una plaza para jugar en la Copa AFC en virtud de que el Singapore LIONSXII, representado por la Football Association of Singapore, era inelegible para representar a Malasia en los torneos continentales.

En vista del abandono del Al-Muharraq luego del sorteo, el Regar-TadAZ ingresó directamente al Grupo A, mientras que el vencedor en el repechaje jugará en el Grupo B en lugar del Al-Muharraq.^[5]​

Los 32 equipos de esta fase serán ordenados en 8 grupos de 4 equipos, donde no se podrán enfrentar equipos del mismo país en el mismo grupo. Se jugará a partidos de ida y vuelta, donde en caso de empatar en puntos se utilizará el siguiente criterio de desempate:

• Puntos obtenidos entre los equipos involucrados.
• Diferencia de goles entre los equipos involucrados en los emfrentamientos entre sí.
• Goles anotados entre sí con los equipos involucrados (no aplica la regla del gol de visitante).
• Diferencia de goles en la fase de grupos.
• Goles anotados en la fase de grupos.
• tiros desde el punto penal si solo 2 equipos están involucrados.
• Menor cantidad de puntos obtenida por las tarjetas recibidas durante la fase de grupos (1 punto por cada tarjeta amarilla, 3 puntos por cada tarjeta roja como consecuencia de 2 tarjetas amarillas, 3 puntos en caso de 1 tarjeta roja directa, 4 puntos por cada tarjeta amarilla que genere una tarjeta roja directa).
• Moneda al aire.

Los 2 mejores equipos de cada grupo avanzan a la siguiente ronda.

Se juega a un sistema de eliminación directa, en donde juegan a un partidobasados en el resultado obtenido por cada equipo en la fase de grupos, donde los ganadores de grupos enfrentan a los que quedaron en segundo lugar de otro grupo. Los ganadores de cada grupo tienen la ventaja de localía.

Se juega a eliminación directa con partidos de ida y vuelta, en donde en caso de empate se deteminará primero la regla del gol de visitante para desempatar, de continuar el empate se jugarán tiempos extras (la regla del gol de visitante no existe en la prórroga), y de continuar el empate se realizarán tiros desde el punto penal hasta determinar un ganador.

Fuente:^[8]​^[9]​

• Liga de Campeones de la AFC 2013
• Copa Presidente de la AFC 2013

• Página oficial (en inglés)