La Copa AFC comenzó en 2004 como una competición de segundo nivel en el sistema de fútbol asiático, complementaria a la Liga de Campeones de la AFC. Este torneo fue diseñado para brindar a los clubes de 14 países en desarrollo, según la clasificación de la AFC, una oportunidad de competir internacionalmente. En su primera edición, participaron 18 equipos de estos países. Los grupos A, B y C incluían equipos de Asia Occidental y Asia Central, mientras que los otros dos grupos estaban formados por equipos del Este y Sudeste Asiático. Los campeones de grupo y los tres mejores equipos clasificados avanzaron a una fase eliminatoria, en la que los enfrentamientos se decidían por sorteo. En esta edición inaugural, el club sirio Al-Jaish se coronó campeón al derrotar a su compatriota Al-Wahda gracias a la regla de goles de visitante.

En 2005, la competencia mantuvo su estructura con 18 equipos de nueve países, permitiendo que cada nación eligiera entre uno o dos representantes. En esta temporada, los equipos sirios dejaron de participar en la Copa AFC para intentar clasificarse en la Liga de Campeones de la AFC, lo que abrió oportunidades para otros equipos. Ese año, el equipo jordano Al-Faisaly venció a Al-Nejmeh de Líbano en la final, marcando el inicio de una época dorada para los clubes jordanos, quienes ganaron las siguientes dos ediciones del torneo. En esos años, Baréin también comenzó a participar en la Copa, mientras que Bangladés fue relegado a la Copa Presidente de la AFC, una competición de tercer nivel que se mantuvo hasta su abolición en 2014.

En 2008, el club bahreiní Al-Muharraq rompió la hegemonía jordana y se coronó campeón en la última final disputada a doble partido. A partir de entonces, la Copa AFC adoptó el formato de final única, un sistema que continuó en las ediciones siguientes.

El 23 de diciembre de 2022, la AFC anunció una reestructuración de sus competiciones continentales a partir de la temporada 2024-25. Bajo el nuevo sistema, la Copa AFC sería descontinuada y reemplazada por un nuevo torneo de segundo nivel llamado Liga de Campeones 2 de la AFC. Además, se introdujo una nueva competición de tercer nivel, la Liga Desafío de la AFC, diseñada para ampliar las oportunidades de competencia internacional entre los clubes de Asia en diferentes niveles.

La segunda competición de la AFC, la Copa AFC, experimentó cambios significativos en su formato a partir de la edición 2014:

• Un total de 32 equipos participaron en la fase de grupos, divididos en 16 equipos del Oeste de Asia y Asia Central, y 16 equipos del Este, Sureste y Sur de Asia.
• Los equipos se distribuyeron en ocho grupos, con cuatro grupos para el bloque occidental y cuatro para el bloque oriental.
• Los dos primeros equipos de cada grupo avanzaban a los octavos de final, que se disputaban en un solo partido.
• Los cuartos de final y las semifinales se jugaban a ida y vuelta.
• La final se jugaba a partido único, normalmente en una sede no neutral, otorgando ventaja de local al equipo con mejor rendimiento en el torneo.
• El campeón de la Copa AFC obtenía un cupo directo para la fase de grupos de la Liga de Campeones de la AFC.

Solo equipos de 27 países de la AFC lograron alcanzar la fase de grupos de la Copa AFC. La tabla a continuación muestra la distribución de los cupos por Asociaciones Miembro a lo largo de los años. Un asterisco (*) indica cuando al menos uno de los equipos fue eliminado en la fase de calificación y no llegó a la fase de grupos. En total, 32 países participaron en la fase de calificación, aunque no todos lograron avanzar a la fase de grupos.

Nota: pen. = Penaltis; des. = Partido de desempate; pro. = prórroga.

• Liga de Campeones de Asia
• Copa Presidente de la AFC
• Recopa de la AFC

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• Sitio web oficial (en inglés)
• Archivo de la Copa AFC en RSSSF