Tres estadios fueron elegidos para ser sedes de esta competencia:

Fueron elegidos siete árbitros para los partidos, proviniendo de todas las confederaciones (siendo la AFC de la que designaron dos). Además de dos árbitros asistentes, sin ser precisamente de la misma nacionalidad.

Fueron decidiéndose a lo largo del año a través de las seis mayores competiciones continentales. Transcurso que aprovechó el comité ejecutivo del ente organizador para realizar modificaciones al formato respecto de la edición anterior:

• El 23 de marzo introdujo un repechaje entre el ganador de la Liga de Campeones de Oceanía y el campeón del torneo del país anfitrión.^[1]​
• El 13 de agosto determinó que el club ganador de ese partido, disputará los cuartos de final contra el campeón de Asia, a fin de evitar la presencia dos equipos de una misma confederación en semifinales^[2]​ (en caso de que el campeón japonés pase). Por lo tanto, automáticamente el representante de África enfrenta al de Norteamérica. El campeón de Sudamérica (que también se lo considera campeón de América),^[3]​ y el de Europa, ingresan directamente a semifinales, y no se cruzan. Los otros dos semifinalistas surgen de las eliminaciones antes nombradas.

En cursiva los debutantes del torneo.

*Sepahan tomó el cupo del campeón japonés debido a que Urawa Red Diamonds de ese país fue el campeón asiático, y por reglamento no puede haber dos clubes del mismo país.^[4]​

Todos los enfrentamientos se resuelven a partido único. En caso de empate está establecido que se juegue un tiempo extra de 30 minutos (exceptuando el partido por el tercer lugar). Si persiste la igualdad, se recurre al sistema de tiros desde el punto penal.

Según anunció el presidente de la FIFA, Joseph Blatter, en una conferencia de prensa posterior al comité ejecutivo que el equipo ganador del torneo recibiría una suma de cinco millones de dólares, mientras que el segundo lugar obtendría cuatro. La suma total de premios asciende a dieciséis millones.^[5]​

Además, se sometió a prueba un balón inteligente, este consta de un chip, que cuando traspasa la línea de meta le informa al reloj del árbitro si la jugada terminó en gol o no.^[6]​^[7]​

El torneo comenzó con la victoria del Sepahan contra el Waitakere United por tres tantos contra uno. A los cuatro minutos de juego Mohammed había marcado dos goles para el conjunto iraní el cual comenzado el segundo tiempo definió el partido tras el gol de Abu Al-Hail. Finalmente el equipo neozelandés logró el descuento, pero el resultado final clasificó al equipo asiático a la siguiente ronda.

En los cuartos de final, Pachuca se enfrentó a Étoile du Sahel. Durante el partido, el equipo mexicano no pudo concretar ninguna acción de gol, costándole al final, cuando al minuto 85 un tiro de Narry le dio el triunfo al conjunto tunecino.

El otro partido lo protagonizaron el Sepahan y el Urawa Red Diamonds. Aquí otra vez el equipo japonés mostró ser superior (como lo fue en la propia final asiática), ganando por 3-1.

El Étoile du Sahel al clasificar a la semifinal enfrentó a Boca Juniors. Después de unos 30 minutos muy trabados, anotó Cardozo para el equipo argentino, gol que definió el pase a la final.

Para decidir quién será el rival, por la otra llave el AC Milan enfrentó al Urawa Red Diamonds. El conjunto italiano ganó gracias a un tanto de Seedorf en el segundo tiempo.

Finalmente, el ganador de este último partido volvió a triunfar por más de un gol contra el campeón sudamericano, coronándose campeón mundial.

• Los horarios corresponden a la hora de Japón (UTC+9)

• Copa Mundial de Clubes de la FIFA Japón 2007 - FIFA.com Archivado el 17 de abril de 2019 en Wayback Machine.