El calendario y los enfrentamientos se anunciaron el 22 de enero de 2021,^[1]​ mientras que la reglamentación principal se hizo pública posteriormente.^[2]​ Básicamente, se ha seguido la regulación prevista originalmente del año anterior.

• Formaron parte del torneo los 20 equipos que participaron de la J1 League 2021. Tokushima Vortis retornó al certamen tras su única aparición en 2014, mientras que Avispa Fukuoka volvió tras cinco años de ausencia.
  • Kawasaki Frontale, Gamba Osaka, Nagoya Grampus y Cerezo Osaka, clasificados para la Liga de Campeones de la AFC 2021, estuvieron exentos de participar en la fase de grupos e ingresaron directamente a cuartos de final.
    • Según el sistema de 2020, se suponía que participarían algunos equipos de la J2 League. Sin embargo, como este año el número de equipos de la J1 League aumentó temporalmente, los clubes de la segunda división no formaron parte del torneo por primera vez desde 2017.
• Fase de grupos: Los restantes 16 equipos fueron divididos en cuatro grupos de cuatro clubes cada uno según sus posiciones en la temporada 2018. De esta manera, cada cuadro debió disputar seis juegos en total -tres de local y tres de visitante-.
  • Grupo A: Kashima Antlers (5.º), Hokkaido Consadole Sapporo (12.º), Sagan Tosu (13.º) y Avispa Fukuoka (J2 - 2.º).
  • Grupo B: F.C. Tokyo (6.º), Oita Trinita (11.º), Vissel Kobe (14.º) y Tokushima Vortis (J2 - 1.º).
  • Grupo C: Kashiwa Reysol (7.º), Urawa Red Diamonds (10.º), Yokohama F.C. (15.º) y Shonan Bellmare (18.º).
  • Grupo D: Sanfrecce Hiroshima (8.º), Yokohama F. Marinos (9.º), Shimizu S-Pulse (16.º) y Vegalta Sendai (17.º).
  • Para determinar el orden de clasificación de los equipos se utilizaron los siguientes criterios:
    1. Puntos en partidos cara a cara entre equipos empatados.
    2. Diferencia de goles en partidos cara a cara entre equipos empatados.
    3. Goles marcados en partidos cara a cara entre equipos empatados.
    4. Goles de visitante marcados en partidos cara a cara entre equipos empatados.
    5. Si más de dos equipos están empatados, y tras la aplicación de todos los criterios cara a cara una parte de los conjuntos sigue igualada, se vuelve a aplicar los criterios solamente con los cuadros empatados.
    6. Diferencia de goles en todos los partidos de grupo.
    7. Goles marcados en todos los partidos de grupo.
    8. Tanda de penales si solo dos equipos están empatados y se enfrentan en la última fecha del grupo.
    9. Menos puntos disciplinarios.
    10. Sorteo.
• Los dos primeros de cada grupo avanzaron a la fase eliminatoria.
• Fase eliminatoria: se enfrentaron en serie de dos partidos, a ida y vuelta. En caso de igualdad en el total de goles, se aplicaría la regla del gol de visitante y, si aún persistía el empate, se realizaría una prórroga, en donde ya no tendrían valor los goles fuera de casa. De continuar la igualdad en el marcador global, se realizaría una tanda de penales. Los vencedores clasificaron a la fase final.
• Fase final: se llevó a cabo entre los clubes provenientes de la fase eliminatoria junto con Kawasaki Frontale, Gamba Osaka, Nagoya Grampus y Cerezo Osaka.
  • En cuartos de final y semifinales se enfrentaron en serie de dos partidos, a ida y vuelta. Se aplicaron las mismas reglas que en la fase eliminatoria.
  • La final se jugó a un solo partido. En caso de empate en los 90 minutos se haría una prórroga; si aún persistía la igualdad, se ejecutaría una tanda de penales.
    • Si la final se cancelaba y no se podía establecer una fecha alternativa, los dos equipos que hubieran avanzado a la final serían tratados como ganadores, pero si el motivo de la cancelación se debía a la culpa de un solo club, entonces el otro se hubiese consagrado campeón del certamen. Por otra parte, ambos conjuntos serían subcampeones si la razón se atribuía a impericias de ambos finalistas.^[3]​

Todo el calendario del certamen fue anunciado el 22 de enero de 2021, a excepción de la final.^[1]​ A diferencia del año antepasado, la segundo ronda de la fase de grupos se disputó el fin de semana, mientras que algunas rondas fueron programadas con un horario distinto. La fecha de la final del torneo se reveló el 5 de febrero de 2021.^[4]​

• Los horarios de los partidos corresponden al huso horario de Japón: (UTC+9)

• En cuartos de final y semifinales, el equipo de arriba es el que ejerció la localía en el partido de vuelta.
• Los horarios de los partidos corresponden al huso horario de Japón: (UTC+9)

El Premio Nuevo Héroe es entregado al mejor jugador del torneo menor de 23 años.

• Asociación de Fútbol de Japón
• J1 League 2021
• J2 League 2021
• Copa del Emperador 2021

• Copa YBC Levain J. League 2021: Sistema de juego (en japonés)