Yamazaki Nabisco era el único patrocinador de la Copa J. League. Hasta el final de la fase de grupos llevaba el nombre de “Copa Yamazaki Nabisco J. League 2016”. Sin embargo, a partir del 1 de septiembre, la empresa Yamazaki Nabisco pasará a llamarse “Yamazaki Biscuit Company”,^[3]​ por lo que el torneo tomó las abreviaturas de la flamante compañía para ser conocido desde el 21 de junio como “Copa YBC Levain J. League 2016”.^[4]​ Cabe señalar que, en un principio, este campeonato se llamaría “Copa Yamazaki Nabisco J. League” hasta su culminación.^[5]​

La reglamentación principal se anunció el 15 de diciembre de 2015,^[6]​ mientras que la fase de grupos y sus fechas el 28 de enero de 2016. Básicamente, se ha seguido la regulación del año anterior.

• Formaron parte del torneo los 18 equipos que participaron de la J1 League 2016. Omiya Ardija volvió al torneo después de ausentarse en la edición del 2015, mientras que Júbilo Iwata y Avispa Fukuoka retornaron después de estar presentes por última vez hace tres y cinco años, respectivamente. Cabe señalar que Fukuoka sólo jugó fases eliminatorias en la edición 2011, por lo que fue la primera vez en diez años que disputó la fase de grupos.
  • Sanfrecce Hiroshima, Gamba Osaka y Urawa Red Diamonds, clasificados para la fase de grupos de la Liga de Campeones de la AFC 2016, estuvieron exentos de participar en la fase de grupos e ingresaron directamente a cuartos de final.
  • F.C. Tokyo, que debía competir en las rondas previas de la Liga de Campeones de la AFC, estaría exento al igual que los tres equipos anteriores si llegaba a triunfar en esos duelos; de otro modo, ocuparía un lugar en la fase de grupos (grupo A). Finalmente, el conjunto de la capital japonesa ganaría su llave eliminatoria e ingresaría a la fase de grupos de la competición continental;^[7]​ en consecuencia, comenzó su participación en la Copa J. League 2016 en cuartos de final.
• Fase de grupos: Los restante 14 equipos fueron divididos en dos grupos de siete clubes cada uno. De esta manera, cada cuadro debió disputar seis juegos y quedar libre en alguna de las siete jornadas.
  • Grupo A: Kashima Antlers, Omiya Ardija, Shonan Bellmare, Ventforet Kofu, Júbilo Iwata, Nagoya Grampus y Vissel Kobe.
  • Grupo B: Vegalta Sendai, Kashiwa Reysol, Kawasaki Frontale, Yokohama F. Marinos, Albirex Niigata, Avispa Fukuoka y Sagan Tosu.
  • Para determinar el orden de clasificación de los equipos se utilizó el siguiente criterio:

1. Puntos obtenidos.

2. Diferencia de goles.

3. Goles a favor.

4. Resultado entre los equipos en cuestión.

5. Diferencia de goles entre los equipos en cuestión.

6. Puntos por juego limpio.

7. Sorteo.

Los dos mejores de cada grupo a la fase final.

• Fase final: se llevó a cabo entre los cuatro clubes provenientes de la primera fase junto con Sanfrecce Hiroshima, Gamba Osaka, Urawa Red Diamonds y F.C. Tokyo.
  • En cuartos de final y semifinales se enfrentaron en serie de dos partidos, a ida y vuelta. En caso de igualdad en el total de goles, se aplicaría la regla del gol de visitante y, si aún persistía el empate, se realizaría una prórroga, en donde ya no tendrían valor los goles fuera de casa. De continuar la igualdad en el marcador global, se realizaría una tanda de penales.
  • La final se jugó a un solo partido. En caso de empate en los 90 minutos se haría una prórroga; si aún persistía la igualdad, se ejecutaría una tanda de penales.

Un resumen de las fechas se dio a conocer el 15 de diciembre de 2015,^[6]​ ampliado con información de la fase final el 13 de enero de 2016.^[8]​ Se esperó hasta último momento para ver si F.C. Tokyo ganaba su llave preliminar en la Liga de Campeones de la AFC -de otra manera comenzaría a competir en la fase de grupos de la Copa de la Liga-. Como el equipo de la capital japonesa terminó derrotando a su adversario en esa instancia, arrancó su participación en la Copa J. League en cuartos de final. Cabe señalar que, de forma similar a la final del torneo del año anterior, el partido definitorio se llevó a cabo en el Estadio Saitama 2002.^[9]​

• En cuartos de final y semifinales, el equipo de arriba es el que ejerció la localía en el partido de vuelta.
• Los horarios de los partidos corresponden al huso horario de Japón: (UTC+9)

El Premio Nuevo Héroe es entregado al mejor jugador del torneo menor de 23 años.

• Asociación de Fútbol de Japón
• Copa Suruga Bank 2017

• Copa Yamazaki Nabisco J. League 2016: Sistema de juego (en japonés)