Los participantes se distribuyeron en 4 grupos de 5 equipos cada uno. Los dos mejores equipos de cada grupo al final de las cinco fechas, clasificarán a los cuartos de final.

A la conclusión de cada grupo en la Fase de Grupos, los equipos serán posicionados de acuerdo y en orden con los siguientes criterios:

1. Mayor cantidad de puntos obtenidos en todos los partidos de grupo.
2. Mayor diferencia de goles en todos los partidos de grupo.
3. Mayor cantidad de goles anotados en todos los partidos de grupo.
4. Si dos o más equipos continúan empatados según los tres criterios anteriores, sus posiciones se determinarán del siguiente modo:
   1. Mayor cantidad de puntos obtenidos en los partidos entre equipos empatados.
   2. Mayor diferencia de goles en los partidos entre equipos empatados.
   3. Mayor cantidad de goles anotados en los partidos entre equipos empatados.
   4. Menor cantidad de puntos con base en la cantidad de tarjetas en todos los partidos de grupo (amarilla 1 punto, roja indirecta 3 puntos, roja directa: 4 puntos, y amarilla más roja directa: 5 puntos).
   5. Posición más alta en Ranking de Clubes de CONCACAF.
   6. Sorteo por parte de CONCACAF.

En la fase eliminatoria, los equipos jugaron uno contra el otro en dos partidos, uno en casa y otro como visitante. El campeón recibió un pase directo a los octavos de final de la Copa de Campeones de la Concacaf 2026, mientras que el subcampeón, los semifinalistas y dos ganadores de un repechaje entre los eliminados en cuartos de final avanzaron a la fase preliminar del torneo (6 clubes centroamericanos clasificarán en total).

En cursiva los clubes debutantes.

1. ↑ Infobae, Por Newsroom (28 de diciembre de 2024). «Herediano se corona campeón del fútbol de Costa Rica tras ganarle la serie al Alajuelense». infobae. Consultado el 18 de enero de 2025. 
2. ↑ cronologia/-/meta/gustavo-roca. «Motagua celebra: clasificado a otro torneo tras coronarse campeón». www.laprensa.hn. Consultado el 18 de enero de 2025. 
3. ↑ «Xelajú MC asegura la participación internacional en Copa Centroamericana de la Concacaf». ESPN.com.gt. 22 de diciembre de 2024. Consultado el 18 de enero de 2025. 
4. ↑ «Club Atlético Independiente se coronó campeón en Panamá». Concacaf. 12 de marzo de 2024. Consultado el 18 de enero de 2025. 
5. ↑ Diego Viana (22 de diciembre de 2024). «Once Deportivo clasificó a la Copa Centroamericana 2025». El Gráfico (El Salvador). Consultado el 17 de enero de 2024. 
6. ↑ Prensa, La (22 de diciembre de 2024). «Un penalti otorga al Diriangén el tricampeonato y el cupo a la Copa Centroamericana 2025». La Prensa. Consultado el 18 de enero de 2025. 

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