Los departamentos de la Conferencia Episcopal son los siguientes.:

1. Ecumenismo y Doctrina de la Fe.
2. Seminario y Religiosos.
3. Cáritas, Pastoral Carcelaria y Sanitaria.
4. Medios de Comunicación Social.
5. Movimientos Laicales, Laicos y Familia (Vida).
6. Juventud, Vocaciones y Ministerios.
7. Pastoral Urbano—Rural y Misiones.
8. Catequesis y liturgia.
9. Movilidad Humana y Justicia y Paz.
10. Cultura y Educación Católica.
11. Atención al Clero.

Son funciones de la Conferencia Episcopal de Nicaragua:

1. Intensificar, a nivel nacional la presencia dinámica de la Iglesia en la realidad actual y ofrecer, mediante sus Departamentos y Comisiones, los servicios que concretan dicha presencia.
2. Dictar decretos, normas y prescripciones o cuando así lo establezca un mandato especial de la Santa Sede (cfr. can. 455 §1).
3. Trazar las líneas generales de planificación pastoral, promover y estimular las iniciativas y obras que presenten un interés común.
4. Procurar el ordenado desarrollo de los organismos y movimientos cristianos con carácter nacional, favoreciendo así su oportuna coordinación con miras a una mayor eficacia.
5. Realizar consultas y deliberaciones de todo lo que concierne a la enseñanza, promoción y animación de las responsabilidades del cristiano en sus actuaciones concretas, a fin de facilitar el deber pastoral de los Obispos diocesanos ya que es deber propio de ellos el orientar y guiar al pueblo de Dios (cfr. can. 381).
6. Vigilar y administrar de conformidad con las normas del Derecho Canónico los bienes de la Iglesia que son propiedad de la Conferencia Episcopal.

Las arquidiócesis y diócesis que están afiliadas a la Conferencia Episcopal de Nicaragua son las siguientes.

• Arquidiócesis de Managua.
• Diócesis de Estelí.
• Diócesis de Granada.
• Diócesis de Jinotega.
• Diócesis de Juigalpa.
• Diócesis de León.
• Diócesis de Matagalpa.
• Diócesis de Bluefields.
• Diócesis de Siuna.

• Delegado para el Concejo Episcopal Latinoamericano -- Monseñor Juan Abelardo Mata Guevara SDB.
• Delegado para el Sínodo de la Juventud

Monseñor David Albin Zywiec Sidor OFM, cap

• Suplente para el Sínodo de la Juventud - Mons. Enrique Herrera.

Son miembros de la Conferencia Episcopal de Nicaragua (CEN):

• Todo los Arzobispos y Obispos residenciales, los Administradores y Vicarios Apostólicos, los Administradores Diocesanos, y los demás que por derecho se equiparan a los Obispos Diocesanos.
• Los Arzobispos y Obispos Coadjutores y Auxiliares.
• Los Obispos Titulares que ejerzan un oficio pastoral al servicio de toda la Iglesia en Nicaragua, por encargo de la Santa Sede o de la Conferencia Episcopal. (art. N° 2)

Nota: Todo obispo diocesano que haya cumplido setenta y cinco años de edad debe presentar la renuncia de su oficio al sumo pontífice, el mismo tendrá en cuenta si la acepta o no, otra manera de ser emérito es por enfermedad u otra causa grave quedase disminuida su capacidad para desempeñar el gobierno de la diócesis.^[6]​

• Web de la CEN