Los primeros jesuitas llegaron a Florencia en 1551, instalándose sucesivamente en diversas casas de alquiler, con carácter provisional. Tres años después, en 1554, posiblemente por influencia de Leonor de Toledo, esposa de Cosme I, duque de Florencia, este último donó a la Compañía una pequeña iglesia medieval dedicada a San Juan Evangelista, así como su rectorado. La iglesia había sido construida a mediados del siglo XIV. Los jesuitas continuaron su labor educativa y pastoral en esta iglesia de pequeñas dimensiones a pesar de contar progresivamente con un mayor número de fieles que acudían a confesarse, oír misa o prédicas en la iglesia. En 1569 Cosme I donó al colegio el que había sido convento de Frattini en la puerta de San Gallo para que sirviera de finca de recreo al colegio.^{[Nota 1]}​^[1]​ Entre aproximadamente 1563 y 1567 enseñó en el colegio, el jesuita (y futuro cardenal) Roberto Belarmino.^[2]​

Hacia los inicios de la década de 1570 la Compañía planteó la posibilidad de reconstruir la iglesia y colegio según una planta más amplia, sin embargo la particular gestión de la Compañía en torno al patronazgo dificultó encontrar fondos para este objetivo.

Sería hacia el año 1577, cuando el arquitecto Bartolomeo Ammannati y su esposa Laura Battiferi ofrecieron importantes donaciones para la construcción de una nueva iglesia y colegio. Esta generosidad cristalizaría en 1581 cuando el matrimonio Ammannati (que no contaba con descendencia) dejó como heredera a la Compañía de Jesús. Las obras de la nueva iglesia, según planos del propio Ammanati comenzaron en 1579 y finalizarían en 1592.^[3]​ También en ese año de 1577 el colegio contó entre sus alumnos a Luis Gonzaga (futuro jesuita, canonizado en 1726) y su hermano Rodolfo. A finales del siglo XVI también siguió estudios de humanidades en el colegio, Maffeo Barberini (futuro Urbano VIII).^[4]​

En 1631 murió Benedetto Biffoli, patricio florentino, que había instituido al colegio como heredero de todos sus bienes. Entre estos se incluía el conocido como Oratorio del Salvador que daría lugar a la formación en 1632 del Noviciado del Salvador.

El colegio fue visitado por distintos príncipes a lo largo de su historia:

• El 31 de julio de 1661, con motivo de la fiesta de San Ignacio de Loyola (fundador de la Compañía), recibió la visita de Fernando Carlos, conde del Tirol; acompañado de su esposa Ana de Médici; Victoria della Rovere, esposa de Fernando II de Toscana; y otros príncipes de la familia granducal.

• En 1740 fue visitado por Francisco de Lorena, gran duque de Toscana y futuro emperador, y su esposa, la archiduquesa María Teresa de Austria.

El final del colegio se vería ligado a la supresión de la Compañía de Jesús en 1773. Dos después, el colegio fue encomendado a los escolapios, que lo conservarían hasta 1878 en que cedieron una parte para fundar un Ginnasio Regio con el nombre de Galileo. En 1884 el colegio de los escolapios se fusionaría con el Ginnasio Regio formado el Liceo Galileo que continúa en funcionamiento.^[5]​

El colegio y la iglesia se encontraban en el centro de Florencia. En concreto, sus fachadas principales se situaban en la via dei Martelli, con el colegio más al sur y la iglesia en la parte norte. La iglesia cuenta con una pequeña plaza delante de su fachada principal a la via dei Martelli. En su iglesia se encuentran enterrados los principales benefactores del colegio: Bartolomeo Ammanati y su mujer Laura Battiferi; y Benedetto Biffoli (enterrado al pie del altar mayor).

La iglesia presenta una estructura de nave única y está construida en estilo manierista. Este estilo es también en el que se encuentra construido el colegio.

1. ↑ Este convento, que se encontraba bajo patronato de Cosme I de Médici, se encontraba abandonado desde que Pío V hubiera abolido en 1569 la rama franciscana de la reforma degli Amadei (fundada por el beato Amadeo de Silva) . Anteriormente el convento había servido como villa de recreo de Lorenzo de Médici.

1. ↑ Pisa, Sisto, padre (O. F. M. Cap.) (1906). Storia dei cappuccini toscani: 1532-1691 (en italiano). Tipografia Barbèra. Consultado el 15 de mayo de 2025. 
2. ↑ Motta, Franco (2016). «Roberto Bellarmino, santo». Dizionario Biografico degli Italiani 87. 
3. ↑ Mattrachi, Pietro (1999). «Il Collegio di S. Giovannino a Firenze». Architetture della Compagnia ignaziana nei centri antichi italiani (en italiano). Alinea Editrice. pp. 111-114. ISBN 978-88-8125-304-3. Consultado el 15 de mayo de 2025. 
4. ↑ Lutz, Georg (2020). «Urbano VIII». Dizionario biografico degli Italiani 97. 
5. ↑ «L'istituto». Liceo Classico Galileo (en italiano). Consultado el 14 de mayo de 2025. 

• Hurx, Merlijn (2009). «Bartolomeo Ammannati and the College of San Giovannino in Florence: Adapting Architecture to Jesuit Needs». Journal of the Society of Architectural Historians 68 (3): 338-357. ISSN 0037-9808. doi:10.1525/jsah.2009.68.3.338. Consultado el 14 de mayo de 2025. 
• Richa, Giuseppe (1757). «Lezione VIII della chiesa di S. Giovannino de Padri Gesuiti y ss.». En Pietro Gaetani VIviani, ed. Notizie Istoriche Delle Chiese Fiorentine: Divise ne' suoi Quartieri. Del Quartiere Di S. Giovanni ; pt. 1 (en italiano) 5. Florencia. p. 108. Consultado el 15 de mayo de 2025.