El equipo femenino empezó a disputar partidos oficiales en los años 40, debutando en competición la temporada 1943-44 en la segunda categoría del Campeonato de Catalunya. La temporada siguiente se unifican ambas categorías en un solo grupo de primera y el Joventut jugará por primera vez en la primera categoría, la catalana, ya que durante estos años todavía no existía ninguna competición superior. En los años siguientes el baloncesto femenino pierde bastante por todas partes, principalmente debido a que las jugadoras, a instancias de la Sección Femenina, fueron obligadas a realizar el Servicio Social para legalizar las fichas federativas.

No fue hasta los 50, gracias al impulso de Pere Gol, que el equipo femenino de la Penya empezó a competir de forma regular. Gol introduce nuevamente el baloncesto femenino en la Penya en 1956, y un año más tarde comienza a competir de nuevo. La temporada 1963-64 el Joventut se proclama campeonas de la segunda división nacional, y la temporada siguiente (1964-65) participa por primera vez en la primera categoría de la Liga española de baloncesto femenina, creada un año antes. Se mantuvo en la máxima categoría hasta la 1970-71, cuando no pudo mantenerla por la falta de recursos económicos, lo que sucedería en más de una ocasión.

En 1982 volvería a conseguir el ascenso a la máxima categoría, pero tuvo que renunciar a él por motivos económicos, lo que sucedería de nuevo en 1988.

En la 2020-21 asciende a la Liga Femenina Challenge, la segunda categoría nacional.

Después de una primera temporada tranquila terminando duodécimas, la temporada 2022-23 el equipo de Jordi Vizcaíno se clasifica para disputar la fase de ascenso a la Liga Femenina pero quedaron eliminadas en cuartos de final ante La Cordá de Paterna, el equipo filial del Valencia Basket. ^[1]​

La temporada siguiente (2023-24) vuelve a clasificarse por el play-off de ascenso después de finalizar la temporada regular en tercera posición. En cuartos de final eliminan sin problemas al Al-Qázeres Extemadura a doble partido y se plantan la final a cuatro de Estepona. En semifinales consuman la revancha y eliminan a La Cordá de Paterna NB, que el año anterior las dejó fuera de la final four, y posteriormente derrotan en la final al CAB Estepona, equipo anfitrión, logrando el ascenso a la Liga Femenina Endesa de manera agónica después de remontar 11 puntos de desventaja en los últimos 5 minutos.

La temporada 2024-25, ya en Liga Femenina, el Joventut Badalona incorpora a grandes nombres como Anna Cruz o Mariam Coulibaly junto a otras jugadoras con experiencia en la liga como Elise Ramette, Rebeca Cotano y Lynn-Geldof, y la continuidad de jugadoras importantes en el ascenso como Laura Piera, Alima Dembélé, Helena López, Rebeca Cotano y Deva Bermejo.