El Club Deportivo Alfaro ya había tenido un equipo filial en otras etapas con el nombre de Club Deportivo Alfaro Promesas. Fue en la etapa 1976-1978, donde compitió en la Segunda Regional de Navarra, y de 1990 al 1995 donde compitió en las categorías regionales de la Federación Riojana de Fútbol

En verano de 2015, el C. F. Ciudad de Alfaro alcanzó un acuerdo con el C. D. Alfaro, por el cual pasaban a convertirse en su conjunto filial cambiando su denominación por C. D. Alfaro "B", absorbiendo sus categorías inferiores y modificando su equipación granate por la blanca del conjunto matriz.

Desde su conversión en C. D. Alfaro "B", el equipo jugó en Preferente, la mayor parte de las temporadas sin poder optar por el momento al ascenso a Tercera División debido a la presencia del C. D. Alfaro en esta división, hasta el año 2025, cuando el C. D. Alfaro decidió descontinuar este filial.

• Uniforme titular: Camiseta blanca, pantalón negro y medias blancas.

Estadio La Molineta, con capacidad para 2.500 personas, cuyo uso comparte con su primer equipo. Dimensiones 100x66 metros.

• Temporadas en Primera División: 0
• Temporadas en Segunda División: 0
• Temporadas en Segunda División B: 0
• Temporadas en Tercera División: 0
• Mejor puesto en la liga: 6.º en Regional Preferente de La Rioja (temporada 2016-17)

LEYENDA

  :Ascenso de categoría
  :Descenso de categoría

• Club Deportivo Alfaro

• C. D. Alfaro "B" en futbol-regional.es
• C. D. Alfaro "B" en la Federación Riojana de Fútbol

1. ↑ «18 EQUIPOS PARA LA REGIONAL PREFERENTE 2025/2026». Federación Riojana de Fútbol. Consultado el 18 de julio de 2025.