Los primeros antecedentes de cámaras de comercio en el país se remontan al siglo XVI con el establecimiento en Mérida de la llamada Diputación de Comercio de Yucatán con el objetivo de agremiar a los comerciantes de la península para operar la ruta Sisal - Europa vía la Casa de la Contratación de Indias.^[4]​^[5]​^[6]​^[7]​^[8]​^[9]​

En 1615 se fundó una organización del gremio comercial en Ciudad de México,^[10]​ y para finales del siglo XVIII nacieron en Guadalajara^[11]​ y Veracruz.^[12]​

Sin embargo, no fue hasta finales del siglo XIX que nacen formalmente las cámaras nacionales de comercio, llamadas así para diferenciarse de las cámaras que ya existían en México y que representaban el comercio de otros países, tal era el caso de la Cámara Española de Comercio y la Cámara Inglesa de Comercio.

Entre las cámaras nacionales de comercio más antiguas del país, destacan la de la Ciudad de México cuya fundación se realizó el 27 de agosto de 1874, la de Veracruz en 1879, la de Monterrey en 1883 y la de Mazatlán en 1884.

Tambien destacan por su antigüedad la de Saltillo de 1886, la de Chihuahua de 1887, la de Guadalajara de 1888, la de Puebla de 1889, la de Tepic de 1895, la de Morelia de 1905, las de Aguascalientes y Mérida de 1906, y la de Santiago de Querétaro de 1907.

Pese a la formalización de estas cámaras, fue hasta 1908, bajo el gobierno de Porfirio Díaz, que se promulgó la primera ley de cámaras nacionales de comercio que establecía las funciones y organización de de estas instituciones.

Cinco años después, en marzo de 1913, la Cámara Nacional de Comercio de Torreón propuso la formación de una asociación de cámaras de comercio y comercio de carácter nacional.

En mayo de 1917, Alberto J. Pani, entonces secretario de industria y comercio envió una invitación a la Cámara Nacional de Comercio de la Ciudad de México a organizar el Primer Congreso Nacional de Comerciantes, bajo el auspicio de su dependencia.

En la nota dirigida a la cámara se lee:

(...)“... el C. Presidente de la República considera de urgente necesidad pública que el comercio se organice eficientemente, creando órganos adecuados de relación, por medio de los cuales pueda entenderse y cooperar, de una manera fácil, con el Gobierno General. Y la Secretaría de Industria y Comercio, con estos fines, se permite invitar a cada una de las Cámaras de Comercio del país, para que envíen un delegado al Primer Congreso Nacional de Comerciantes que, bajo el patrocinio de la propia Secretaría de Estado, se celebrará el próximo mes de junio en esta ciudad de México y que se ocupará preferentemente en el estudio de lo siguiente:

I.- Moralización del Comercio.

II.- Organización colectiva de las Cámaras de Comercio de la República, para fines de ayuda mutua, de conveniencia pública y de representación ante el Gobierno Federal.

III.- Medios que deben ponerse en práctica para desarrollar el comercio interior y exterior.

IV.- Medidas que es conveniente dictar para hacer frente al posible encarecimiento de los artículos de primera necesidad”..

Fue así que se instaló una comisión organizadora presidida por Carlos Arellano, presidente de la Cámara Nacional de Comercio de la Ciudad de México. Se enviaron invitaciones a las Cámaras de Comercio de la República, lo mismo a diversos ayuntamientos para que enviaran delegados.

El congreso, con sede en el Palacio de Minería, dio inicio el 12 de julio de 1917 con la asistencia de Venustiano Carranza, entonces presidente de México. Participaron 134 delegados y las reuniones se extendieron hasta el 4 de agosto del mismo año.

Participaron en este Primer Congreso los representantes de las Cámaras de Comercio de:

Y junto a ellos hicieron acto de presencia los delegados de doce ayuntamientos; tres cámaras agrícolas; cinco sociedades o cámaras mixtas (industriales, agrícolas y comerciales); dos sociedades para ayuda del comercio; cinco cámaras de comercio extranjeras (Cámara Austro-Húngara de Comercio; Cámara de Comercio Alemana; Cámara Italiana de Trabajo y Comercio de México; Cámara Oficial Española de Comercio, Industria y Navegación; y la Cámara de Comercio Francesa de México).

Además hubo un representante de la Escuela Superior de Comercio y Administración; de la Sociedad Agrícola Mexicana; de la Sociedad Mutualista de Agentes Viajeros; de la Asociación de Contadores Titulados; del Colegio de Corredores; de la Cámara Agrícola Nacional de Tabasco; de una sociedad mutualista; y de la Universidad Popular Mexicana.

Meses después del congreso, en octubre de 1917, se iniciaron los trabajos para la creación de una confederación de cámaras de comercio. Después de días de debate, se aprobaron los estatutos para dicha organización. El 3 de noviembre de ese mismo año se firmó el acta constitutiva de la Confederación de Cámaras de Comercio de los Estados Unidos Mexicanos y se eligió como su primer presidente al regiomontano Enrique Sada Muguerza. La sede central estaría ubicada en avenida Uruguay #48, en el Centro Histórico de la Ciudad de México.^[13]​

A los dos años de su fundación cambiaron sus oficinas a la avenida 5 de Mayo #17 en el mismo centro histórico de la capital mexicana. En ese mismo año, el gobierno de Venustiano Carranza le solicitó su apoyo como garante solidario del papel moneda emitido para hacerle frente a la escasez de moneda fraccionaria y cuando éste último, a consecuencia de la revolución de Agua Prieta, quiso llevarse a Veracruz el metal que respaldaba dicha moneda, la confederación se opuso al traslado de tales cantidades de oro y no entregó las llaves ni combinación donde se resguardaban.^[14]​

De igual modo, con su intercesión ante el Congreso de la Unión y la Secretaría de Economía se logró que en 1936 se promulgara la nueva ley de cámaras de comercio e industria que fusionaba ambos sectores en una sola organización. También se hacía obligatorio el registro de empresarios y comerciantes a las cámaras correspondientes; dicha obligación quedó abrogada en 1997.

Cinco años después, mediante reforma legal se establece que las cámaras son instituciones públicas autónomas y son formalmente los órganos de consulta del Estado para los temas del sector. Además también separó a los industriales de la confederación para que ellos pudieran crear sus propias organizaciones.

Luego de dos cambios de domicilio adicionales, primero a la avenida República de Argentina #9 y después a San Juan de Letrán #11, se instalaron en su actual sede desde 1969 en la calle Balderas #144 del Centro Histórico de la Ciudad de México.^[15]​

La confederación cuenta con tres órganos de dirección: la asamblea nacional, el consejo directivo y el comité ejecutivo nacional.

La asamblea nacional es el órgano supremo y está integrado por la totalidad de los afiliados a la confederación, mientras que el consejo directivo es integrado por un mínimo de ocho y un máximo de treinta consejeros, electos todos por la asamblea nacional.