La trama va de siete (en las 4 primeras temporadas seis) pequeños sirenos de entre 5-7 años que viven en un lugar ficticio del océano llamado Bubbletucky, ellos asisten a la escuela a cargo del señor Grooper. En esta escuela los seis personajes imaginan increíbles y cómicas aventuras entre las cuales suelen aprender un montón de cosas. A veces los guppies salen de la escuela de excursión a la ciudad o lo que amerite el tema del episodio.

Al inicio, Molly saluda y Gil hace cualquier curiosidad y después uno de los dos, o ambos dicen ¡Es hora de los Bubble Guppies!. Cada episodio comienza con alguno de los Guppies camino a la escuela, cuando algo en su camino llama su atención, al llegar a la escuela, los otros Guppies saludan mientras se reúnen con el Sr. Grouper, el personaje que aparece al inicio comenta a los demás lo ocurrido, lo que hace que surja la curiosidad por el tema, el Sr. Grouper pide al espectador que piense un poco sobre el tema, y muestra elementos de este, por ejemplo los instrumentos de música para el género rock 'n roll, partes del cuerpo donde hay huesos, o los papeles que puede interpretar un actor; a la escena le sigue una canción. La siguiente escena suele ser una donde los Guppies actúan en algún tipo de servicio relacionado con el tema, ya sea afinar una guitarra, estar con el médico para ver radiografías, o un servicio de comida rápida para dinosaurios; a esta escena le sigue la hora del almuerzo, protagonizada por 3 de los Guppies, dos de ellos tienen un almuerzo normal, mientras el tercero (Nonny) trae una variación cómica. La siguiente escena suele ser una estelarizada con Molly y Gil, para después reaparecer en la escuela, donde los Guppies tienen más interacción directa dentro del tema del capítulo; esta parte suele ser seguida por una segunda canción. Después, sigue la hora de la salida, donde los Guppies actúan una escena en el patio de recreo de la escuela, a esta escena suele seguirle otra escena de Gil y Molly, para finalizar con el propósito del episodio, ya sea ir de campamento, actuar en una obra de teatro, o ir a la gran ciudad. La escena final es otra estelarizada por Gil y Molly, para seguir con el tema de salida.

En 2013, un crítico caricatura del New York Post señaló que los niños que son demasiado jóvenes para entender las palabras, y mucho menos la trama, se hipnotizaron por el espectáculo.

En junio de 2014, el cantante de heavy metal Ozzy Osbourne se anunció a la estrella invitada como Sid, el pescado en un episodio de 2015.

Al terminarse la cuarta temporada y debido a planes de hacer bajar los Puntuaciones de la audiencia, Nickelodeon canceló la serie, pero en 2019 decidió renovarla para una quinta temporada, que incluye a una nueva guppie llamada Zooli, experta en los animales y el 19 de febrero de 2020, la serie se renovó para una sexta temporada.

Bubble Guppies es creada por Jonny Belt y Robert Scull quienes son también los productores ejecutivos, y la coproducción ejecutiva está a cargo de Janice Burgess, el equipo ganador del Emmy detrás de los éxitos de Nickelodeon Backyardigans y Little Bill. Cada episodio de media hora de Bubble Guppies presenta una canción pop única y una canción interactiva de baile. La coreografía es de Beth Bogush, quien fue directora del Alvin Ailey Dance School para niños y realizada por bailarinas reales cuyos movimientos son luego recreados en animación.

• Nonny: Su cabello es anaranjado y su aleta verde, lleva goggles en lugar de gafas. Es el miembro más inteligente del grupo, también es bastante tranquilo y serio y usa un lenguaje avanzado para su edad. Su mejor amigo es Gill. Entre las cosas que Nonny gusta es el baloncesto, leer y los bocadillos de queso y pepinillos. Como algo curioso, Nonny sonríe en muy pocas ocasiones y es alérgico al polvo. Cuando llega la parte en que todos salen a almorzar casi siempre no tiene comida si no algo relacionado con el tema del capítulo.
• Deema: Su cabello es amarilla rizado y puntiagudo, su piel es pálida y su aleta naranja. Esta chica tiene una personalidad y autoestima tan grande como su peinado, es muy alegre, energética y muchas veces el centro de atención. Su mejor amiga es Oona. Entre las cosas que Deema gusta está la moda exagerada, bailar y hacer reír a los demás. Suele ser una de las cantantes principales de la serie. Como algo curioso, se sabe que a Deema le gusta el agua efervescente.
• Goby: Es un Guppie de cabello añil Corto y muy rizado, piel morena y aleta azul. Goby es el personaje más creativo y de mente abierta del grupo, esa imaginación suele compartirla con sus amigos inventando historias. Entre las cosas que Goby gusta esta los emparedados de pavo, zumo de manzana y vestir ropa de béisbol. Como algo curioso se sabe que colecciona rocas.
• Molly: Es un guppie de pelo rosa, piel y aleta azul. Molly es una de las presentadoras de los guppies, es conocida por ser una chica líder por naturaleza y una muy buena amiga. Su mejor amigo es Gil, pero se lleva muy bien con todos los guppies. Entre las cosas que le gustan a Molly están cantar e interactuar con el público.
• Gil: Es un guppie de cabello lacio y azul, piel pálida y aleta verde. Es el miembro más mayor del grupo. Gil es uno de los presentadores de los guppies, Es un niño lleno de energía y suele ser engañado por sus amigos entre bromas. Su mejor amiga es molly. Entre las cosas que a Gil le gustan está la pizza, la guitarra eléctrica y el zumo de manzana. Normalmente las cosas siempre le salen mal.
• Oona: Es una guppie de cabello lacio y morado en dos coletas, piel clara y aleta rosa. se le conoce por ser simpática y amable con los demás. Su mejor amiga es Deema. Entre las cosas que Oona gusta esta el color rosa, los animales bebé y los fuegos artificiales.
• Zooli: es una niña guppie humana presentada con cabellera violeta, piel morena y aleta rosa que aparece a partir de la Temporada 5. Ella es una experta en animales.
• Mr Grouper (Sr. Mero): Es un pez anaranjado y amarillo que tiene la peculiaridad de cambiar de color para simular ser otra cosa, como una vaca, un autobús, o un super héroe. El funje como profesor de los Guppies, es muy simpático, inteligente y honesto. Canta cuando los Guppies salen.
• Cachorro Bubble (Bubble Puppy): Es un pez-cachorro blanco y anaranjado que es la mascota de Gil, aparece en algunos episodios, y a veces se le ve al inicio acompañando a alguno de los Guppies, aunque no sea Gil.
• Peces pequeños anaranjados: Son tres peces que sirven como los ayudantes del espectador dentro de las escenas de servicios, historias, y ocasionalmente en las escenas de Gil y Molly.

El primer especial de una hora se llama Cuentos de Hadas de cachorro Bubble donde una malvada bruja convierte a Cachorro Bubble en una rana y Gil y Molly con ayuda de Caperucita Roja (Oona), Ricitos de Oro (Deema) Juan de los frijoles (Goby) y el Espejo Mágico (Nonny) intentaran convertir de nuevo en perro a Cachorro Bubble.

El primer especial musical se llama ¡Buenos Días, Sr. Pez Gruñón! donde los Bubble Guppies le enseñan al Sr. Pez Gruñón muchas cosas a través de canciones mientras que el Sr. Grouper está con el dentista.

• Monstruo de Colores: Es un monstruo lagarto muy parecido en apariencia a Godzilla al que le encantan los colores.
• Goriladrilo: Es una creación por Goby en un dibujo y usado en la historia como antagonista, la cachorrita de dragón le mordió la cola, pero la soltó antes de despertarlo. Según Goby es una "cabeza de gorila y una cola y dos patas de cocodrilo". Hizo su única aparición en "Cachorro Bubble"
• Dragón: Es un monstruo de la mitología que se comía las galletas integrales de Deema y destruía los fuertes, pero, cuando llegó al castillo de ladrillos, no la quemó. Luego descubre que sólo quiere galletas. Hizo su única aparición en "Construyeme algo"
• Bandido Marchante: Es un armadillo que es un ladrón de vacas y el tambor de Molly y Goby. Después se las llevaron y, al perseguirlos, se puso en el centro de un círculo de serpientes de cascabel. Lo rescataron, y lo llevaron a la cárcel. Al final, se hace amigo de ellos.
• Tomate Podrido: Es el enemigo de Súper Camarero y Súper Ayudante. Es un tomate gigante y apestoso . Él reside en el Jardín Apestoso. Puede convertir a la gente en pepino (como hizo con el Súper Camarero y la chef). Luego, Súper Ayudante devuelve a la normalidad a la chef y lo encierra en un frasco de ketchup. Es uno de los pocos villanos que no se ha arrepentido de ser malo. Hizo su primera aparición en "El especial de Pez Gruñon"
• Monstruo Espacial: Monstruo extraterrestre que persiguió a las alienígenas por todo el Sistema Solar. Al final sólo estaba cansado. Él no puede hablar, sólo puede valvucear. Sus pies no se muestran. Hizo su única aparición en "La roca lunar"
• Mastodontes: Son 2 mastodontes a los que les gusta pisotear cavernícolas. Otro ejemplo de villanos que no se arrepienten de ser malos.
• Langosta del Lago Ness: Es la parodia de Nessie. No deja pasar a los que no son auténticos roqueros. Hizo su única aparición en "Nos gusta rockear"
• Jabalí comelon: Es de una isla al que nadie le enseñó como se comparte y es un ladrón de pelotas(Su madriguera está llena de ellas). Al final, Deema y Oona le enseñan como se comparte. Hizo su única aparición en Pezketball
• Oso Lunar: Es un oso que reside en la Luna, es capaz de robar linternas porque le tiene miedo a la oscuridad.
• Sra. Mariposa:(Verdadera identidad: Deema) Una mariposa vanidosa que cuida de su jardín de flores.
• Mosca de la Fruta: Es una mosca que desperdicia las frutas. Al final, le enseñan como no se desperdicie los alimentos.
• Conejo: Es un conejo obsesionado con las zanahorias. Tan obsesionado estaba que construyó un robot gigante para poder robarlas.
• Las Hienas No dejaban que Gil, Goby ni los elefantes bebieran agua solo que ellos se rieron y lo dejaron y se hicieron amigos.
• La Malvada Bruja Ella transformó a cachorro Bubble en una rana. al final se transforma en una rana y se hace feliz. Planeaba transformando a todos en ranas pero al final ella se hizo rana y fue feliz.
• MachuPicchu Chuchú: Es un tren de Machu Picchu que perseguía a las conductoras de tren; Al final, creen que solamente quiere ayudar a subir la montaña. Hizo su única aparición en "Triple Carrera de Trenes".

Los personajes adicionales de la serie son especies marinas que aparecen en todo los episodios, como cangrejos, langostas, caracoles, estrellas de mar y peces de otras especies. También hacen cualquier oficio y distracción cuando cada uno o dos personajes lo miran.

• Bob Esponja
• Dora la Exploradora
• Nick Jr.
• Nickelodeon
• Treehouse TV

• Bubble Guppies en Nick Jr. (Estados Unidos)
• Bubble Guppies en Nick Jr. Latinoamérica Archivado el 3 de junio de 2020 en Wayback Machine.
• Bubble Guppies en Nick Jr. (España)
• Wiki Bubble Guppies Español