Bomberman es un agente especial contratado por el "Departamento de Justicia" con el fin de recuperar unos datos científicos robados. Más tarde se descubre que el Profesor Xeal y "Los Señores de la Galaxia" estuvieron involucrados en la pérdida de estos datos, comenzando entonces Bomberman su último viaje.

Bomberman Story DS tiene la posibilidad de conectarse mediante conexión local inalámbrica con hasta un máximo de 8 jugadores. También puede conectarse a la Conexión Wi-Fi de Nintendo al igual que Bomberman Land Touch! y Bomberman Land Touch! 2, aunque esta vez con un máximo de 4 jugadores.

Es posible conectar el juego de Bomberman Story DS con el juego Bomberman Land Touch! 2 mediante conexión local inalámbrica y mediante la Conexión Wi-Fi de Nintendo gracias a la característica del "Bomberman Battle Pack 2" que ambos juegos poseen. Sin embargo, no es posible conectar el juego con el primer título de Bomberman Land Touch!, a pesar de que también dispone de conexión Wi-Fi, debido a que este juego carece del "Bomberman Battle Pack 2".

• Cheerful White: Siendo el personaje principal del juego, más conocido como White Bomberman o simplemente como Bomberman, ha sido llamado por el Profesor Ein de parte del Departamento de Justicia para ayudarle a recuperar importantes datos científicos que le han sido robados. Cheerful White es un héroe reconocido que siempre hace lo posible por salvar la galaxia.

• Profesor Ein: Es un gran científico y uno de los investigadores más importantes del Departamento de Justicia. Es él quien generalmente le transmite a Cheerful White las misiones y el único personaje en el juego (aparte de Cheerful White) que ha aparecido anteriormente en un juego de Bomberman.

• Bomberman Story DS - Website oficial (en japonés)