• Primera entrega cuya interfaz es remodelado por completo.
• Los modos Normal e Easy están ahora disponibles. Ambos modos de dificultad difieren en qué canciones se pueden elegir y cuándo.
• Tres nuevos modificadores son introducidos: Battle, Hidden, y Double.
• Para la versión en consola, cuatro canciones no fueron incluidas: Beginning of life, DJ BATTLE, jam jam reggae (FUNKY jam Cookie mix), and SKA a go go.
  • El modo expert tampoco fue incluido.

• Normal mode: Es de nivel común. Los niveles de dificultad pueden alcanzar hasta las 6 estrellas. Disponible cuatro canciones por ronda.
• Easy mode: A diferencia del anterior modo, es una versión suavizada en donde las canciones tienen una dificultad menor, con menos notas para ejecutar, a pesar de que sus niveles de dificultad son los mismos que Normal mode. Ideal para principiantes. 4 canciones por ronda.
• Practice mode: Este modo es con fines de aprender a utilizar los controles y a ejecutar las notas, incluyendo el disco giratorio. Tres canciones por ronda.

En el videojuego hay cuatro tipos de modificadores que se pueden activar para alterar el modo de juego:

• Double: Un jugador ejecuta las notas usando ambos controladores, de modo que debe estar posicionado en el centro del arcade.
• Expert: Este es un modo de juego adicional en lugar de ser un modificador. Al activarse, el jugador debe seleccionar cuatro tipos de courses, los cuales están compuestos por cinco canciones cada uno: Classic, Vocal, Techno y Special.
• Hidden: Este modificador hace que las notas desaparezcan antes de llegar a la parte inferior del juego.
• Battle: Es el modo versus en donde ambos jugador es compiten entre ellos con el objetivo de hacer el mayor puntaje durante un set. Se necesita primero activar el modificador Double y luego activar el Battle.

Para poder activarse, se debe primero presionar y mantener el botón adecuado y luego en ese estado pulsar el botón de Start.

Al igual que su antecesor, beatmania APPEND YebisuMIX, también requiere una llave para poder ejecutarse, ya que por sí solo no puede iniciar. Para jugarlo se requiere primero insertar el disco del videojuego beatmania, y una vez en el menú principal se debe seleccionar la opción Disc Change. Una vez que el juego indique que se deba cambiar el disco, se debe retirar de la consola y reemplazarlo por el de beatmania APPEND 3rdMIX. Una vez hecho, se pulsa START para finalizar.

beatmania APPEND 3rdMIX mini es un segundo Add-on que fue lanzado el 27 de noviembre de 1998^[6]​ y vino junto con beatmania 3rdMIX complete,^[7]​ un CD álbum que contenía las canciones creadas para beatmania 3rdMIX.^[8]​ Este add-on era un versión previa de beatmania APPEND 3rdMIX, y que solo contenía cinco canciones: find out, life goes on, Queen's Jamaica, tribe groove y wild I/O.^[9]​

En la versión arcade, ya es posible desbloquear canciones ocultas, sin embargo, no es posible hacerlo jugando de la manera común, sino que se debe introducir un código para su disponibilidad usando únicamente el controlador izquierdo (1P). Luego de introducir unas cuantas monedas, en el menú principal, se gira el disco giratorio dos revoluciones completas en el sentido de las agujas del reloj para luego presionar y soltar el botón 5.

Seguidamente, se vuelve a girar el disco dos revoluciones pero esta vez en sentido antihorario, y luego se presiona y mantiene el botón 5 y de ahí pulsar el botón START. Este último botón puede ser presionado del primer o segundo controlador (1P - 2P).^[10]​

Luego de ingresar el código, las canciones believe again, nine seconds, y area code estarán disponibles, uno a la vez por cada etapa de la partida. Esto también desbloquea el Special Course en el modo Expert.

Las siguientes tablas muestran las canciones introducidas en el juego:^[11]​^[12]​ ^[13]​

• Página web oficial