La Armada obtuvo instalaciones en el Aeropuerto Internacional Ministro Pistarini mediante un acuerdo con la Flota Aérea Mercante Argentina.^[1]​ La Base Aeronaval Ezeiza sirvió al Comando de Transportes Aeronavales, denominada después Escuadra Aeronaval N.º 5 (EAN5).^[1]​^[2]​

El Estado terrorista del Proceso de Reorganización Nacional implementó a través de la Armada los vuelos de la muerte para eliminar a detenidos desaparecidos.^[3]​ La 1.ª y 2.ª Escuadrilla Aeronaval de Sostén Logístico Móvil con asiento en la BAEZ llevaron a cabo este método de exterminio.^[3]​

Durante la guerra de las Malvinas de 1982, la Base Aeronaval Ezeiza se ocupó del apoyo logístico a las unidades pertenecientes a la Fuerza Aeronaval N.º 3.^[4]​

La BAEZ creó y operó la Central Logística Aérea Buenos Aires, que proporcionó apoyo logístico a los elementos de la ARA destinados en el Teatro de Operaciones del Atlántico Sur.^[4]​ Operó hasta después de la rendición contribuyendo en tareas de repliegue.^[4]​

La Base Aeronaval Ezeiza fue disuelta eventualmente.

Desde 2018 las instalaciones que fueron de la BAEZ pasaron a la Policía de Seguridad Aeroportuaria (PSA) por decisión del gobierno de Mauricio Macri.^[5]​